Tiền thân của Trường Tiểu học Hoà Thắng 2 là trường cấp I, II Hoà Thắng.Trường được thành lập vào tháng 8 năm 1999 theo Quyết định số 207 / QĐ-SGDĐT, ngày 06 tháng 8 năm 1999 của Sở Giáo dục và Đào tạo Phú Yên. Trường tiếp tục được sáp nhập từ Trường Tiểu học Hoà Thắng 2 và Trường Tiểu học Hoà Thắng 4 để thành lập Trường Tiểu học Hoà Thắng 2 theo Quyết định số 4320/QĐ-UBND, ngày 29 tháng 08 năm 2018 của Uỷ ban nhân dân huyện Phú Hoà.Được sự quan tâm chỉ đạo của Phòng GDĐT Phú Hoà và UBND xã Hoà Thắng, Trường Tiểu học Hoà Thắng 2 được công nhận trường đạt kiểm định chất lượng giáo dục cấp độ 2 và công nhận đạt chuẩn quốc gia mức độ 1 trong năm 2020.