Trường còn vinh dự 3 lần được Chủ tịch nước trao tặng Huân chương Lao động hạng Ba (1999), hạng Nhì (2006) và hạng Nhất (2010) Trường THPT Dân tộc Nội trú Thanh Hoá có tiền thân là trường Thanh niên Dân tộc và trường Bổ túc Công nông cùng được hành lập năm 1970 tại huyện Ngọc Lặc. Trường TNDT thực hiện phương châm vừa học vừa làm nhằm nâng cao kiến thức văn hoá, kỹ năng lao động cho thanh niên các dân tộc làm nòng cốt cho sự nghiệp xây dựng phát triển miền núi; trường BTCN làm nhiệm vụ bồi dưỡng văn hoá cấp 3 cho bộ đội, đoàn viên thanh niên ưu tú có thành tích xuất sắc trong chiến đấu, lao động sản xuất, công tác để đi đào tạo ở các trường chuyên nghiệp. Đến năm 1985 trường BTCN kết thúc nhiệm vụ được sáp nhập vào trường TNDT. Năm 1991 nhà trường đổi tên thành trường THPT Dân tộc Nội trú Thanh Hoá, làm nhiệm vụ tạo nguồn đào tạo cán bộ các dân tộc, phục vụ cho sự nghiệp xây dựng và phát triển vùng miền núi và dân tộc của tỉnh; năm 1993 chuyển trường từ Ngọc Lặc về thành phố Thanh Hoá. Nhà trường hiện nay có quy mô đào tạo 18 lớp, 540 học sinh 6 dân tộc đang học tập, sinh hoạt nội trú tại trường. Trong đó có hàng ngàn người trở thành cán bộ văn hoá- khoa học kỹ thuật, cán bộ lực lượng vũ trang, cán bộ trong hệ thống chính trị các cấp ở Thanh Hoá và trong cả nước. Trong thời kỳ đổi mới, đặc biệt trong những năm đầu thế kỷ XI, Trường THPT Dân tộc Nội trú Thanh Hoá đã vươn lên trở thành điểm sáng giáo dục Thanh Hoá và trong hệ thống các trường DTNT trong toàn quốc: Trường Chuẩn quốc gia bậc THPT đầu tiên của Việt Nam với cơ sở vật chất kỹ thuật tiên tiến hiện đại, đội ngũ nhà giáo vững mạnh, trình độ quản lý tiên tiến, môi trường giáo dục thực sự an toàn lành mạnh, xanh sạch đẹp; chất lượng và hiệu quả giáo dục đào tạo ngày càng được nâng lên. Sự nghiệp phát triển kinh tế - xã hội Miền núi phía Tây của tỉnh đang được triển khai và đòi hỏi nguồn nhân lực lớn, trình độ kỹ năng ngày càng cao. Đặc biệt là lực lượng cán bộ người DTTS làm nòng cốt trên các lĩnh vực ở các địa phương miền núi đang được đặt ra cả về số lượng với những yêu cầu cao về chất lượng . Nhiệm vụ của nhà trường từ nay cho đến năm 2010 và những năm tiếp theo là hết sức nặng nề. Toàn trường đang nỗ lực phấn đấu nâng cao hơn nữa chất lượn tạo nguồn thật tốt, để công tác đào tạo rèn luyện cán bộ các dân tộc đạt hiệu quả cao, đáp ứng yêu cầu thời kỳ mới. Tính đến nay đã hơn 50 hình thành và phát triển, Trường THPT DTNT tỉnh Thanh Hóa với phương châm “Toàn diện – Chất lượng – Đổi mới – Bản sắc” đã đạt được nhiều thành tích xuất sắc. Không chỉ là Trường THPT DTNT đầu tiên được công nhân đạt chuẩn quốc gia, trường còn vinh dự 3 lần được Chủ tịch nước trao tặng Huân chương Lao động hạng Ba (1999), hạng Nhì (2006) và hạng Nhất (2010). Ngoài ra, trường còn vinh dự được nhận Bằng khen, Cờ thi đua của Bộ GD&ĐT, UBND tỉnh và Sở GD&ĐT Thanh Hóa. Nhiều năm nay quy mô Trường là 18 lớp với tổng số 540 học sinh, tuy nhiên từ năm học 2024 - 2025, khi cơ sở vật chất được nâng lên, nhà trường đã tăng tuyển sinh từ 150 lên 180 học sinh khối lớp 10. Nhiều cựu học sinh của trường hiện đang đảm nhận nhiều vị trí quan trọng trong các cơ quan, đơn vị tổ chức. Ngoài ra, còn nhiều cựu học sinh là doanh nhân thành đạt.
