Trước năm 1997, nhiệm vụ của trường chủ yếu là đào tạo nhân viên chuyên môn kỹ thuật cho TCHC và các đơn vị trong toàn quân. Từ tháng 07/1995, trường được Bộ Giao thông vận tải cấp phép đào tạo lái xe ô tô các hạng, thuyền máy trưởng các hạng nhất, nhì, ba với lưu lượng đào tạo 250 học viên/năm. Trường có 14 đầu mối gồm: 06 ban, 01 Khoa và 08 đại đội huấn luyện, đào tạo chuyên môn.
06 Ban gồm
- Phòng đào tạo
- Ban Chính trị - Quân lực
- Ban Tài chính
- Ban hậu cần kĩ thuật
- Trung tâm tuyển sinh
- Trung tâm H13
01 Khoa gồm:
- Khoa Giáo viên
08 Đại đội gồm:
- C1
- C2
- C3
- C4
- C6
- C7
- C8
- C9
Từ năm 1997 đến tháng 3/2006, do yêu cầu nhiệm vụ, công tác tổ chức của nhà trường có nhiều thay đổi cho phù hợp, với chức năng nhiệm vụ theo Quyết định số: 672 và 378 do Cục Quân lực- BQP ký. Tháng 4/2007, trường chính thức được BQP ký Quyết định nâng cấp từ Trường dạy nghề lên trường Trung cấp nghề số 13 theo Quyết định số 57/2007/QĐ-BQP. Tổ chức bộ máy từ 14 đầu mối xuống còn 11 đầu mối gồm:
- Phòng Đào tạo
- Ban Tài chính
- Ban Hậu cần - Kỹ thuật
- Cơ quan Chính trị
- Trung tâm H13
- Trung tâm Tư vấn tuyển sinh & Giới thiệu việc làm
- Khoa Cơ bản - Cơ sở
- Khoa Ô tô
- Khoa Vận hành máy thi công mặt đường
- Khoa Cơ khí sửa chữa
- Khoa Lái máy tàu sông
Một số nghề đào tạo hệ Trung cấp của trường được mở ra, nâng số nghề đào tạo Trung và Sơ cấp lên 5 nghề:
- Công nghệ ô tô
- Hàn
- Vận hành máy thi công mặt đường
- Vận hành Lái - Máy tàu sông
- Điều khiển phương tiện Thuỷ nội địa
Đồng thời liên kết với một số trường Trung cấp, Cao đẳng chuyên nghiệp liên kết đào một số nghề như:
- Trung cấp Dược sỹ
- Y sỹ...
Trong thời gian này trường được BQP đầu tư xây dựng và đưa vào sử dụng khu Giảng đường học lý thuyết, Xưởng thực hành trị giá đầu tư xây dựng bằng 5.7 tỷ đồng. NĂNG LỰC ĐÀO TẠO
Trình độ Sơ cấp:
Từ năm 1984-1989, nhà trường đã đào tạo được 890 học viên lái xe ôtô, bảo đảm cho nhiệm vụ quân sự, đáp ứng yêu cầu công tác, phục vụ sẵn sàng chiến đấu và làm nghĩa vụ Quốc tế. Từ năm 1990 đến nay, số học viên theo học tại trường trung bình hơn 2000 học viên/năm , bao gồm các ngành nghề đào tạo sau:
Lái xe ô tô các hạng
B1,B2,C,D,E,Fc
Lái xe mô tô hạng A1,A3
Thợ Vận hành máy thi công mặt đường
Thợ Sửa chữa Ô tô
Thợ Hàn
Thuyền máy trưởng hạng nhất, nhì, ba
Trình độ Trung cấp nghề:
Năng lực đào tạo 1000 học viên/năm ; gồm các ngành đào tạo sau:
Công nghệ Ô tô
Hàn
Vận hành máy thi công mặt đường
