Trường THPT Trực Ninh được thành lập từ tháng 09/1965, xây dựng trên một vùng quê còn nghèo về vật chất nhưng giàu về truyền thống văn hiến, truyền thống yêu nước và cách mạng.
48 năm kể từ ngày khai giảng lần đầu tiên đến nay, trường THPT Trực Ninh đã trưởng thành và lớn mạnh không ngừng. Năm học đầu tiên trường chỉ có sáu lớp học với 290 học sinh. Đến những năm 1980 trường có quy mô 24 -27 lớp với gần 1500 học sinh. Năm học 1982 – 1983 trường tách ra làm hai (mở thêm trường THPT Trực Ninh B đặt tại xã Trực Hưng mà nay gọi là trường THPT Nguyễn Trãi). Năm học 1998 – 1999 Sở GD&ĐT Nam Định quyết định thành lập phân hiệu 2 của trường THPT Trực Ninh tại TT Cổ Lễ và năm học 1999 – 2000 từ phân hiệu 2, hình thành một trường THPT mới của huyện Trực Ninh mang tên trường THPT Lê Quý Đôn. Trong 48 năm xây dựng và trưởng thành đã có 29 năm sát nhập huyện Trực Ninh – Nam Trực (1968 – 1997), có 9 năm thầy và trò giảng dạy trong thời chiến phải sơ tán ở các thôn xóm thuộc 3 xã Trực Cát, Trực Thành, Trực Tuấn, lớp học có hầm hào bao quanh, học sinh đội mũ rơm đi học để tránh bom đạn của kẻ thù – Đế quốc Mỹ gây ra. Năm học 1993 Huyện Ủy, UBND huyện Trực Ninh quyết định chuyển nhượng cơ sở vật chất khu trường Đảng huyện Trực Ninh cho trường. Năm 1997 Huyện ủy, UBND huyện Trực Ninh quyết định chuyển nhượng đất và tài sản trên khu trường cũ của trường cho trung tâm giáo dục thường xuyên huyện Trực Ninh. Tháng 9 năm 2000 UBND huyện Trực Ninh quyết định mở thêm diện tích mặt bằng cho trường đảm bảo đủ diện tích theo tiêu chuẩn của trường Chuẩn Quốc gia, nhà trường được UBND TT Cát Thành chuyển nhượng đất và tài sản trên đất của Ủy ban cho trường. Về xây dựng cơ bản đến nay trường có đủ 35 lớp học cao tầng, các phòng chức năng và khu nhà hiệu bộ.
48 năm qua nhà trường kiên trì khắc phục mọi khó khăn thực hiện mục tiêu nguyên lý giáo dục của Đảng, phấn đấu hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao, đáp ứng yêu cầu của Tổ quốc, của quê hương qua từng thời kỳ cách mạng. Đã giáo dục và đào tạo được hàng vạn học sinh đỗ Tốt nghiệp THPT. Trong cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước đã có hơn 200 thầy giáo và học sinh tham gia quân đội, trực tiếp chiến đấu trên khắp các chiến trường. Nhiều người đã lập công xuất sắc, được tặng thưởng Huân, Huy chương các loại. Hơn 20 người đã anh dũng hy sinh vì sự nghiệp giải phóng Miền Nam thống nhất Tổ quốc. Có hàng trăm thương binh, bệnh binh tàn nhưng không phế, vẫn cố gắng làm việc để có ích cho đời. Hơn 5000 học sinh tiếp tục học lên các trường Đại học, Cao đẳng trong và ngoài nước. Trong đó có hơn 70 người là tiến sỹ, thạc sỹ; nhiều học sinh trở thành bác sỹ, kỹ sư, nhà báo, nhà giáo các cấp, cán bộ quản lý giỏi ở các cơ quan, xí nghiệp, các trường học; nhiều người đã trở thành nhà kinh doanh giỏi thời mở cửa hội nhập với thế giới. Có người được phong tặng anh hùng Lao động như anh Nguyễn Văn Bình trên công trình thủy điện Sông Đà (quê ở xã Trực Nội). Một số học sinh sau khi tốt nghiệp đã trực tiếp về lao động xây dựng quê hương, nhiều người đã trở thành cán bộ chủ chốt, lao động giỏi ở địa phương.
48 năm nhiều thế hệ học sinh lớn lên và trưởng thành trong phong trào thi đua dạy tốt và học tốt của nhà trường. Ngay từ những năm đầu trường mới thành lập dạy và học trong hoàn cảnh chiến tranh ác liệt nhưng chất lượng giáo dục đào tạo của nhà trường khá cao, nổi tiếng trong tỉnh, tỉ lệ tốt nghiệp từ 90 – 100%; các đội tuyển học sinh giỏi đạt nhiều giải cao đồng đội và cá nhân. Trong thời kỳ tiến hành công cuộc đổi mới đất nước tuyền thống dạy tốt – học tốt vẫn được phát huy, thành tích năm học sau cao hơn năm học trước.
