Để đáp ứng yêu cầu tạo nguồn đào tạo cán bộ người dân tộc thiểu số sau ngày miền Bắc được giải phóng, hệ thống trường thanh thiếu niên dân tộc được thành lập, sau này phát triển thành hệ thống trường Phổ thông Dân tộc nội trú Ngày 23/5/1974 UBHC tỉnh Lào Cai đã ký Quyết định thành lập trường thiếu niên dân tộc vùng cao huyện Bát Xát, cho đến nay nhà trường đã trải qua gần 50 năm tồn tại và phát triển, trường đã nhiều lần được đổi tên cho phù hợp với tình hình giáo dục của từng thời kì, một chặng đường dài đầy gian nan, thử thách với bao thăng trầm đã đi qua. Khi mới thành lập nhà trường đóng tại xã Y Tý, chỉ đào tạo cấp tiểu học, khai giảng năm học đầu tiên vào tháng 9 năm 1974, học sinh khi đó của nhà trường khoảng 50 em, tập trung chủ yếu ở 3 xã: Ý Tý, Ngải Thầu và A Lù. Năm 1979, trường chuyển về xã Mường Hum tiếp tục thực hiện nhiệm vụ đào tạo con em các dân tộc thiểu số huyện Bát Xát có trình độ tiểu học để tạo nguồn đào tạo cán bộ người địa phương; Khi chiến tranh biên giới nổ ra (ngày 17/2/1979) cả khu phố Mường Hum trong đó các trường học đều bị đốt cháy. Để đảm bảo an toàn các thầy cô giáo và cán bộ, nhân viên của trường phải lui về tuyến sau đi sơ tán.
Đến năm học 1984-1985 trường tiếp tục chuyển đến xã Bản Xèo (thời kỳ đó nhà trường có tên đầy đủ là: Trường Thiếu niên dân tộc vùng cao số 1 huyện Bát xát). Để phù hợp với xu thế chung và các văn bản hướng dẫn pháp qui của Bộ GD&ĐT, UBND huyện Bát Xát đã có quyết định về việc đổi tên Trường Thiếu niên dân tộc vùng cao số 1 thành Trường PTDTNT số 1 huyện Bát Xát. Những năm đầu trường tuyển sinh từ lớp 1 sau này nâng lên từ lớp 2, lớp 3. Những năm sau trường chỉ tuyển sinh từ lớp 4, lớp 5, số chỉ tiêu còn lại để tăng số lượng tuyển học sinh cấp THCS. Việc nâng cấp tuyển sinh lớp đầu cấp tiểu học là việc đi tiên phong của trường Nội trú Bát Xát so với các trường Nội trú trong toàn tỉnh. Năm 1998 trường chuyển về tổ 11, thị trấn Bát Xát. Đến năm học 2003-2004, UBND huyện quyết định sáp nhập trường PTDTNT số 1 và trường PTDTNT số 2 (đóng ở xã Y Tý) thành trường PTDTNT huyện Bát Xát, trực thuộc Phòng GD&ĐT huyện Bát Xát, cũng từ đó trường chỉ tuyển sinh học sinh cấp THCS. Tháng 12 năm 2015, nhà trường được UBND tỉnh Lào Cai quyết định nâng cấp thành trường có hai cấp học và mang tên trường Phổ thông Dân tộc nội trú THCS&THPT huyện Bát Xát, trực thuộc Sở GD&ĐT tỉnh Lào Cai; từ tháng 8 năm 2020, trường chuyển đến địa điểm hiện nay (tổ 9, thị trấn Bát Xát). Nhiều nhà giáo trưởng thành từ nhà trường, hiện nay đang giữ trọng trách quan trọng trong các cơ quan hành chính sự nghiệp như nhà giáo Lý Thị Vinh (nguyên giáo viên của nhà trường, hiện nay là Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Trưởng Ban Dân vận Tỉnh ủy Lào Cai), nhà giáo Sùng Hồng Mai (nguyên Phó Hiệu trưởng nhà trường, hiện nay là Ủy viên Ban Thường vụ Huyện ủy, Phó Chủ tịch UBND huyện Bát Xát), nhà giáo Nguyễn Thị Ngọc Anh (nguyên Hiệu trưởng, hiện nay là Trưởng phòng GD&ĐT huyện Bát Xát)...
Nhìn lại lịch sử phát triển của nhà trường, tập thể cán bộ, giáo viên, nhân viên và học sinh hiện đang công tác, học tập tại Trường PTDTNT THCS&THPT huyện Bát Xát tự hào với những kết quả quan trọng mà các thế hệ nhà giáo, các thế hệ học sinh của nhà trường qua các thời kỳ đã đạt được, đồng thời cũng xác định đúng trọng trách gìn giữ, phát huy những thành quả đó để đưa nhà trường tiếp tục phát triển trong giai đoạn mới với tầm nhìn “Phấn đấu trở thành trường PTDTNT trọng điểm của tỉnh Lào Cai và khu vực miền núi phía Bắc”, cùng sứ mệnh “Tạo nguồn nhân lực có chất lượng, bồi dưỡng nhân tài người dân tộc thiểu số của huyện vùng cao Bát Xát” và thực hiện 5 giá trị cốt lõi, đó là: “Lưu giữ truyền thống; giáo dục bản sắc; trao truyền cảm hứng; xây dựng niềm tin; khát vọng thành công”. Lịch sử và truyền thống nhà trường sẽ là một “yếu tố đặc biệt” để tập thể CBQL, giáo viên, nhân viên và học sinh vững tin thực hiện các mục tiêu đã xác định trong chiến lược phát triển của nhà trường, từng CBQL, giáo viên, nhân viên, từng em học sinh sẽ không ngừng sáng tạo, nỗ lực vươn lên vì sự tiến bộ của bản thân, vì sự phát triển của nhà trường, cùng chung tay để xây dựng nhà trường xứng tầm với niềm tin, sự kỳ vọng của chính quyền và nhân dân các dân tộc huyện vùng cao Bát Xát, xứng đáng với lịch sử và truyền thống của nhà trường.
