Як структурний підрозділ університету кафедра обліку і оподаткування є провідною за значенням серед вищих навчальних закладів Причорномор'я.
Першим завідувачем кафедри був кандидат економічних наук, доцент Олександр Іванович Малишкін. Згодом за конкурсом на посаду завідувача кафедри обліку, аудиту та фінансів було обрано досвідченого фахівця з питань обліку і контролю в підприємствах агропромислового комплексу кандидата економічних наук, доцента Анатолія Сергійовича Пшениченка. Пізніше кафедру очолювали кандидат економічних наук, доцент М.І. Сорокіна та кандидат економічних наук, доцент Т.М. Крушинська.
З 2003 року завідувачем кафедри призначено відомого вченого, доктора економічних наук, професора, члена спеціалізованої вченої ради з захисту докторських дисертацій Володимира Дмитровича Пантелєєва.
З 2009 року кафедру очолює доктор економічних наук, професор Марина Вікторівна Дубініна.
1 жовтня 2014 року було об’єднано дві кафедри, а саме:
- кафедру аналізу і економічної безпеки Миколаївського національного аграрного університету.
- кафедру обліку і аудиту Миколаївського національного аграрного університету.
З 01 вересня 2016 року Вченою радою Миколаївського НАУ було ухвалено рішення перейменувати кафедру обліку і аудиту в кафедру обліку і оподаткування.
На кафедрі працюють: доктори економічних наук, професори М. В. Дубініна, Н. В. Потриваєва, О. М. Вишневська, В. М. Яценко, О.М. Усикова І. В. Ксьонжик, Н. В. Лагодієнко, кандидати економічних наук, доценти В. В. Кузьома, Л.А. Козаченко, Ю. Ю. Чебан, С. В. Сирцева, кандидат економічних наук, старший викладач А. Г. Костирко, кандидати економічних наук, асистенти Н. В. Бобровська, О. І. Лугова, Т. С. Пісоченко, старший викладач В. В. Галкін, завідувач лабораторії О. В. Агафонова, завідувач кабінету С. О. Горбач, лаборант К.О. Терещенко.
