На 60-ті роки ХХ ст. припав бурхливий розвиток суднобудівної галузі в нашій країні. Виникла необхідність будувати судна з високим технічним рівнем електрообладнання та автоматики, а відповідно - готувати висококваліфіковані інженерні і наукові кадри для цієї роботи. В таких умовах в МКІ в 1965 році був створений факультет електрообладнання суден. До його складу увійшли кафедри теоретичних основ електротехніки, електроустаткування суден, електричних машин і суднових електростанцій.
У 80-ті роки додатково до первинної спеціальності «Електрообладнання і автоматика суден» була налагоджена підготовка інженерів за новими спеціальностями: «Техніка і електрофізика високих напруг», а також
«Електропривод і автоматизація промислових установок і технологічних комплексів». На початку 90-х рр. кардинальні зміни в країні вплинули і на суднобудівну галузь: різко скоротилися обсяги будівництва суден і кораблів, значно зменшилися замовлення на інженерів-кораблебудівників. Разом з цим професорсько-викладацький колектив факультету, отримавши великий досвід, за своїм фаховим рівнем був готовий до вирішення нових актуальних завдань як для кораблебудівної, так і для інших галузей. Тому на додаток до трьох існуючих були відкриті нові, перспективні спеціальності: «Прилади точної механіки», «Електронні системи», «Системи управління і автоматики», «Спеціалізовані комп'ютерні системи», «Захист інформації з обмеженим доступом та автоматизація її обробки в комп'ютерних системах та мережах».
У 2003 році факультет було реорганізовано в Інститут автоматики та електротехніки (ІАЕ), який став одним з основних організаційних, наукових і науково-методичних структурних підрозділів університету.
