Історія навчально-наукового інституту післядипломної освіти розпочалась у грудні 2002 року.
Сьогодні діяльність підрозділу охоплює такі напрями, як підвищення кваліфікації, перепідготовка (друга вища освіта) та заочна освіта.
На базі Інституту створений спеціалізований Центр соціально-психологічної підтримки, професійного розвитку та сприяння працевлаштуванню який здійснює:
проведення тренінгів розвитку особистості, тренінгів формування професійних навичок та використання альтернативних методик; проведення тренінгів із оформлення документів та методик при пошуку роботи для студентів випускних курсів.
Завдяки центру у цьому навчальному році набирає обертів ділова гра «Business opportunities», яка поєднала у команди студентів різних спеціальностей та університетів. Серед ідей, які представили студенти, були створення сміттєпереробного заводу, виробництво портативних сонячних панелей, створення ресторану здорового харчування, курсів з англійської мови з виїздом закордон, туристичної гри «Твій Миколаїв» тощо.
Навчально-науковий інститут післядипломної освіти проводить активну роботу по професійній перепідготовці, наданні соціально-психологічної підтримки учасникам бойових дій та учасникам антитерористичної операції, сприянню їх адаптації в громадянське суспільство.
Так, за 2016-2017 рр. перепідготовку пройшли 139 військовослужбовців та членів їх сімей завдяки проекту «Україна-Норвегія».
131 військовослужбовець отримує освіту в Чорноморському національному університеті ім. Петра Могили за заочною формою навчання, з них 93 особи навчається за державним замовленням.
У 2016-2017 навчальному році успішно завершили навчання на заочній формі більше 100 осіб, з них: бакалаври з напрямів «Облік та аудит», «Фінанси і кредит», «Здоров’я людини»,«Політологія»,«Філологія (англійська мова)», «Правознавство», «Соціальна робота»,«Комп’ютерна інженерія»; спеціалісти за напрямом перепідготовки «Фінанси і кредит» та магістри зі спеціальностей «Політологія», «Історія», «Міжнародні відносини», «Фінанси та кредит», «Економіка підприємства», «Філологія (англійська мова)»,«Соціальна робота».
Нагадаємо, що у цьому році також відбувся перший випуск студентів за магістерською програмою «Якість, стандартизація та сертифікація». Випускники отримали не лише диплом ЧНУ імені Петра Могили, а й польський диплом (технічний факультет WSZOP, м. Катовіце) у рамках програми подвійних дипломів.
За роки навчання в університеті студенти-випускники зарекомендували себе як особистості, які не бояться будь-яких перешкод до досягнення поставлених цілей, відповідальні, самостійні, наполегливі. Отримані знання з фахових дисциплін, організаторські, аналітичні здібності дають змогу нашим випускникам успішно конкурувати на ринку праці.