Tsao Lab NUTN

恭喜楊婕旎同學獲得本年度國科會大專學生研究計畫的獎助！

下一屆換台大主辦。
期勉我們接下來好好努力，明年此刻就能北上去分享與交流！

我們實驗室的同學們參加了在國立屏東大學舉辦的2022生態毒理研討會，恭喜林紘屹同學獲得壁報比賽佳作！
大家收獲滿滿，相約明年義守大學再見！

經過一暑假的工作，中秋前大家小聚一下，歡迎加入實驗室的新夥伴：剛升上大三的湘菱與碧昭；還有謝謝去年因疫情沒能迎新、如今都成為大四學長姊的紘屹、珮家、瑀涵，這幾週來認真實驗與帶領學弟妹。

今年夏天畢業離開的張瓏同學來不及聚首，祝福他鵬程萬里，在國立中山大學的研究生生活，充實有收穫！

大家一起迎接新學期囉！

本實驗室參與中原大學蕭崇德教授的團隊，共同開發追蹤分析纖毛蟲 Tetrahymena 運動行為的方法。

恭喜珮家與紘屹兩位同學，獲得今年科技部大專生計畫補助！

原生動物數量精準定量方法的建立

四膜蟲屬於纖毛蟲原生生物，體積小且易培養，是適合利用定量細胞的生長作為評估水域環境污染的指標生物。以往測量原生生物數量的方法主要依靠血球計數器手動計數，存在變異大、效率低的問題。儘管可以使用先進的細胞計數設備，但是由於價錢昂貴的緣故無法成為實驗室中常規的定量方法。在這項研究中，台南大學曹哲嘉教授與中原大學蕭崇德教授團隊利用ImageJ免費開源軟體，使用粒子分析法（PAM）、尋找最大值法（FMM）、可訓練的WEKA分割法（TWS）、分水嶺分割法（WSM）和StarDist法（SDM）等五種不同方法進行四膜蟲數量測量，並與手動計數相互比較。在測試的五種方法中，五種方法都可以得到不錯的細胞計數結果，但基於深度學習的 SDM法，在四膜蟲計數精準度表現上最為突出。本研究成果為科學家提供了一種方便的工具，擴充了進行四膜蟲生態毒性評估細胞計數的優化方法。本研究已於近日發表於生物學領域Q1排名的國際分子科學雜誌期刊 (https://www.mdpi.com/1422-0067/23/11/6009)。

https://www.youtube.com/watch?v=2NQMwq-dRzY

顯微鏡下的生物快速運動，想要紀錄追蹤與分析它們的行為，有甚麼方法呢？

11/10（三）下午２至５點，中原大學生物科技系教授與水生生物毒理與藥理研究中心主任蕭崇德 Chung-Der Hsiao 老師，將帶領博士班研究生前來南大辦理工作坊，教大家如何安裝與使用兩種軟體，可利用最新發表的AI演算法，來進行影片中所示的軌跡追蹤與分析。

蕭老師除了是斑馬魚基因轉殖與以其為疾病模式生物的專家，近年來更利用各種結合人工智慧的影像與動態分析，致力開發與拓展各種水生生物，作為新穎、靈敏、高通量的環境毒理的研究模式。我們實驗室也很榮幸，有機會與蕭老師一同在運用水生真核微生物的研究上合作。

蕭老師將介紹使用的這些軟體，不只可以分析水中生物的運動，也有更廣泛的運用。同學們可以學習之後結合創意去發揮。

有興趣的同學，請攜帶筆記型電腦前來。因使用電腦教室，並且可登錄通識護照時數。因此請同學要先報名以預估人數。

報名網址：
https://campus.nutn.edu.tw/ActReg/ActInfo/20405/11011021822

國立臺南大學活動報名系統 https://www.youtube.com/watch?v=2NQMwq-dRzY 顯微鏡下的生物快速運動，想要紀錄追蹤與分析它們的行為，有甚麼方法呢？ 生科系於11/10(三)邀請中原大學生物科技系教授與水生生物毒理與藥理研究中心主任蕭崇德老師，將帶領博士班研究.....

Size no longer matters: Cloning algal genes just became easier | Plantae Emrich-Mills and Yates et al. develop a method for the large-scale cloning of Chlamydomonas genes without sequence length or complexity limits. The Plant Cell (2021) https://doi.org/10.1093/plcell/

Strombidium 急游蟲是一種常見的海洋纖毛蟲。國立臺灣海洋大學生科系林翰佳老師選了其中一個最初分離自基隆岸邊的該地優勢種急游蟲NTOU1，邀請了幾個校系的老師，共同探索急游蟲NTOU1在水產生技上的應用性。

這個研究的主要執行者是林老師的研究生葉維育，家住台南市山上區的他，曾經花了一個暑期來南大生科系訪問，在我們實驗室從事纖毛蟲基礎細胞學的操作實驗。他回到海大後，進一步完成其他實驗與碩士論文；後續證據的補強與資料分析則由博士後研究員林宏運完成。另外還有海大蔣國平老師團隊與台大林翰佑老師一起參與本研究。

我們發現NTOU1可以在實驗室中培養，且有極佳的細菌吞噬能力。如果將NTOU1與導致魚病的弧菌一同共養短暫時間，急游蟲就可以有效降低細菌密度，保護石斑魚苗免於弧菌感染而致死。這是首度有實驗結果顯示纖毛蟲具有開發成主動型生物防治物種的潛力！

這項研究成果於日前已經正式發表在 Frontiers in Marine Science 上

Biological Protective Effects Against Vibrio Infections in Grouper Larvae Using the Strombidium sp. NTOU1, a Marine Ciliate Amenable for Scaled-Up Culture and With an Excellent Bacteriovorous Ability Bacterial infectious diseases cause a huge economic loss in aquaculture. Active biological control that uses bacteriovorous organisms to remove pathogens is an ecologically friendly approach for the cultural system to counteract the bacterial infection. The ciliate is one of the main predators of ba...