國立臺南大學附屬高級中學創立於1939年（昭和14年），
創立時名稱為臺南州立臺南農業學校，
當時校舍尚未完竣，
故借用臺南市寶公學校（今臺南市立立人國小），
校舍於1940年落成，學校遷入現址。
光復後，校名改為臺灣省立臺南農業職業學校。
1957年（民國46年），初級部停招，
1959年校名改為臺灣省立臺南高級農業職業學校。
民國89年，因為精省改制為國立臺南高級農業職業學校。
2003年（民國92年），改制為國立臺南師範學院附屬高級中學。
2004年因國立臺南師範學院改制為大學，
故改名為國立臺南大學附屬高級中學。
本校試辦綜合高中的精神在於透過學生適性發展，期望學生自主學習，
並滿足學生多元性向和多元志趣的需要，使學生學以致用，服務社會。
本校學程的規劃，以能發揚原有學校特色並配合社會動脈增設相關的學程，
目前除學術導向學程外，開設八個職業導向學程：
資訊應用學程、餐飲技術學程、食品加工學程、製圖技術學程、
營建技術學程、畜產技術學程、機械技術學程、及園藝與休閒學程
使學生能夠在最佳的學習環境下，開發出學生自己最大的優勢。
學生是學習的主人--適性學程之規劃
本校學程的規劃，以能發揚原有學校特色並配合社會動脈增設相關的學程，
開設學術學程(學術自然學程、學術社會學程)，
開設八個專門導向學程（資訊應用學程、餐飲技術學程、食品加工學程、製圖技術學程、
營建技術學程、畜產技術學程、機械技術學程、及園藝與休閒學程等），
使學生能夠在最佳的學習環境下，開發出學生自己最大的優勢。
高一統整
不分流、不設門檻
@高一學習普通高中之課程，強化基本學科能力
@加強生涯規劃之輔導
@試探課程、選課輔導之適性課程
高二分流
選擇不同的專精課程
@多元課程的選修機會
@適性學習
高三專精
選己所愛、愛己所選
@鼓勵學生勇於追求自己的目標
@提供多元入學資訊
選己所愛、愛己所選—談本校學程之特色
→【學術自然學程】：
促進學生身心健全發展，培養德、智、体、群、美五育並重的全人教育並培養學生具自然科學的素養，使其有機會繼續深造，並為研究高深學術及學習專門知能之預備。
→【學術社會學程】：
培養學生具備社會科學的素養，及提升並人文特質，重視學生生涯規劃與抉擇能力，以適應多元化之社會價值觀。
→【機械技術學程】：
目標在傳授機械基礎知識與技能，培養機械技術從業人員之志趣及敬業精神。傳授機械基礎知識與技能。
→【製圖技術學程：
培養工程製圖所需之基層技術人員，傳授機械製圖及相關機械製造方法，材料選用之基本知識，以具備擔任機械製圖、電腦輔助機械製圖之實務工作的能力。同時教育學生利用基本投影原理繪製機械工作圖，達丙級技術能力之水準。陶冶職業道德，以養成負責進取的工作態度。
→【園藝與休閒學程】：
啟發學生學習興趣，以培養學生利用園藝生產從事休閒農場的經營管理的能力訓練生態旅遊及遊憩之專才，培養敬業、積極之工作態度。
→【畜產技術學程】：
培養動物飼養與保健及加工的技術人才，學生作動物科技的介紹，引導學生走向生物技術。
→【餐飲技術學程】：
使學生瞭解並熟練餐飲的專業知識及製作技能，培養正確的職業道德觀念並具備基本之禮儀。
→【營建技術學程】：
目標在培育土木建築技術之人才，培養土木建築從業人員之志趣及敬業精神。
→【食品加工學程】：
傳授食品加工相關之基本知識與技能，培養食品相關從業人員之志趣與敬業精神。
→【資訊應用學程】：
主要教授有關資料處理之實用技術與商業領域之基本知識。培養資料蒐集、處理、分析及操作商業資訊系統之應用知能。培養誠信、勤奮及熱忱之工作態度。
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