籌建緣起
一、政府為平衡城鄉教育，重視東部地區身心障礙國民特殊教育，民國80年6月指派縣立國風國中校長李詩雲兼任籌備處主任，成立籌備處進行建校工作。先行整建裁撤之民族國小，作為行政與教學使用。
二、81年正式招收國小部與國中部學生，82年開始招收高職部學生。並積極規劃吉安校區建暨國中部、高職部搬移至吉安校區，逐次充實各項設施臻於完備，以造福身心障礙學子。
學校沿革
一、80年6月臺灣政府教育廳指派花蓮縣立國風國民中學校長李詩雲兼任本校籌備處主任，進行籌備工作，校地分為美崙及吉安兩個校區。美崙校區利用裁撤之民族國小整修使用，吉安校區則依都市計畫徵收建造。
二、籌備處籌建工作，由陳前廳長倬民先生擔任指導委員會委員。時任廳長陳英豪先生為規劃小組召集人，負責指導規劃事宜。
三、校區委請台灣省政府住宅及都市發展局主持校舍工程設計、發包，委由禾耘建設事務所監造。
四、第一期美崙校區整建工程，將民族國小整修後，81年9月1日奉准正式招生上課。
五、吉安校區，原訂84年1月一期工程完成後，校舍可臻於完備。惟因承包廠商停工解約，重新辦理發包；至86年12月完成一期工程驗收，二期工程於85年7月完成驗收。
六、85年7月實習處及高職部，由美崙校區遷至吉安校區上課。
七、87月，學校行政部門及國中部遷移至吉安校區，國小部仍繼續留在美崙校區。
八、88年2月1日首任校長李詩雲先生，奉調省立花蓮高級中學校長；省立光復高級商工職業學校工校長殷川先生接任本校第二任校長。
九、89年2月1日配合政府精省政策，升格為國立花蓮啟智學校。
十、91年2月1日校長殷川先生榮退，由吳琇瑩女士接任第三任校長。
十一、95年2月1日吳琇瑩校長榮調國立嘉義啟智學校，由沈宏五先生接任第四任校長
十二、96年8月1日完成吉安校區實習大樓整修工程，國小部遷回實習大樓一樓新設教室，三學部合校上課。
十三、97年4月18日本校與花蓮縣政府、宏達慈善基金會簽訂「花蓮品格英語學院合作契約書」，由宏達慈善基金會於本校美崙校區開辦「花蓮品格英語學院」。
十四、97年9月15日美崙校區「花蓮品格英語學院」正式上課。
