Sırpuhi Kalfayan, İstanbul’da meydana gelen kolera salgınından sonra öksüz kalan 2 ile 10 yaş arasında 17 kız çocuğunu evinde toplayarak, okulumuzun ilk basamak taşını koymuştur. Hasköy’deki evinde hem onları meşgul etmek hem de onları geçindirebilmek için; çocuklara oya, dival ve Selçuki sim işlerini öğretmeye başlamıştır. Sırpuhi Kalfayan’ın ince sanatı sayesinde, kurduğu bu hayır kurumu zaman içerisinde Kapalıçarşı’ya seçkin sırmacılar yetiştirmiştir. Hayır kurumu kendini tanıttıkça zengin kadınların dikkatini çekmiş, onların desteğini sağlamıştır. Sırpuhi Kalfayan 24 yıl süren hayır çalışmalarından sonra, ölümüne yakın bir vasiyetname düzenleyerek, KALFAYAN YETİMHANESİ’NİN devam etmesini istemiştir. Ayrıca bu kurumun, hayatlarını hayır işlerine vakfetmiş rahibeler tarafından yönetilmesini uygun görmüştür. Sırpuhi Kalfayan’ın 1889’da ölümünden sonra, yardımcılarından Yeranuhi Ohannesyan, daha sonra da Kristin Papazyan bu kurumun başına geçmiştir.
İlk zamanlar dini bir kimlik taşıyan kurum 1900 yılında eğitim öğretim çalışmalarına başlamıştır. Bu çalışmalara zamanın ruhbanlarından olan eski İstanbul Patriği Mesrop Naroyan ve Reteos Tateosyan gibi değerli öğretmenler katılmıştır. Dünya Savaşına kadar şahsi ve hususi bir kimlik taşıyan yetimhane, daha sonraları tüm Ermeni Cemaatinin sahiplendiği bir hayır kurumuna dönüşmüştür. Cumhuriyetin ilanından sonra 14 Haziran 1928 tarih ve 341 No’lu ruhsatname ile resmi kimlik kazanarak Milli Eğitim Bakanlığ’na bağlı devlet kontrolüne geçmiş ve bir eğitim kurumuna dönüşmüştür. Bu tarihte okul kuruculuğunu hemşire Ağavni Köseyan, okul müdürlüğünü Melkon Uğurluyan üstlenmiştir. 1940 yılına kadar okul müdürlüğünü sürdüren Melkon Uğurluyan bu tarihte istifa ederek görevi Veronik Kayapak’a devretmiştir.
1945- 1946 öğretim yılına Kalfayan İlkokulu yeni müdürü Meryem Çırakman ile başlamıştır. Kalfayan İlkokulu’nun Halıcıoğlu’ndaki binası çevre yolu yapımı nedeniyle istimlak edilince, okul 1971 yılında Üsküdar Altunizade Toprak yol No:26’daki yazlık olarak kullanılan binalarına taşınmıştır. Bu tarihte okul müdürü Koharik Mıgırdiçyan’dır. Dershane yetersizliği nedeniyle 1. sınıf müstakil, 2-3 ve 4-5. sınıflar birleştirilmiş olarak eğitim öğretime başlamıştır. Yatakhane ihtiyacı ise okulun biraz uzağında kiralanan bir ev ile karşılanmıştır. Okul bahçesinin içinde bulunan ve yemekhane olarak kullanılan ahşap bina 1979 yılı yaz aylarında onarılarak hem yatakhane hem de yemekhane binası olarak hizmete açılmıştır.
1979 yılında okul müdürlüğü görevine Ani Çarkçıyan getirilmiştir. Ancak kısa bir süre sonra görevinden ayrılınca, 1984’e kadar bu görevi müdür yardımcısı ve müdür vekili Gültekin Bingöl yürütmüştür. Kalfayan İlkokulu 1984-1988 yılları arasında Arusyak Jaklin Malhasian, 1989-1990 yılları arasında ise Araksi Hargin’in yönetiminde eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmiştir.
1992 de Okul müdürlüğünü üstlenen Vartuhi Merdin bu görevini 31.08.2002 tarihine kadar sürdürmüştür. 1999-2000 Öğretim Yılında Özel Semerciyan Cemaran İlköğretim Okulu ile birleşerek Yenimahalle Yeni Dersane Sokak No. 16 daki binasına yerleşen okulumuz (taşınmış olup) 2000-2001 Öğretim Yılında (ise)da Özel Nersesyan Yermonyan İlköğretim Okuluyla birleşerek eğitim öğretime devam (eder hale gelmiştir) etmektedir . 01.09.2002 tarihinde görevine başlayan Okul Müdürü Adrine TAHMİNCİOĞLU 01 Eylül 2012 yılında görevi Sayın Ayda Kayaer'e devretmiştir. Bu görevi 01 Eylül 2016 yılı itibariyle Sayın Tamar Nergis üstlenmiştir.
