โรงเรียนจรรยาอิสลาม ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2505 เดิมชื่อ “ปอเนาะนะห์ฏอตุลอูลูมุดดีนียะห์” ต่อมาเมื่อวันที่ 1 กันยายน 2513 ได้จดทะเบียนจัดตั้งปอเนาะชื่อ “ปอเนาะจรรยาอิสลาม” สอนภาคศาสนาอย่างเดียว โดยมีโต๊ะครูเจ๊ะหะ อูมา เป็นเจ้าของ มีการเรียนการสอนเกี่ยวกับความรู้ศาสนา เรียกว่า สอนกีตาบ
ต่อมาเมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2514 ได้เปิดสอนอัลกุรอาน เพิ่มอีกวิชาหนึ่งจึงมีการเรียนการสอนทั้งกีตาบและอัลก
ุรอาน ในขณะเดียวกันก็ได้เปิดสอนวิชาสามัญตามหลักสูตรการศึกษานอกโรงเรียนสายสามัญ(กศน.) ระดับ 3 ซึ่งเทียบเท่าระดับ ป.7 ลักษณะการสอนจะแบ่งภาคเช้าและภาคบ่าย โดยภาคเช้าสอนวิชาศาสนาภาคบ่ายจะสอนวิชาสามัญ
การบริหารจัดการของโต๊ะครู เจ๊ะหะ อูมา มีการพัฒนาขึ้นเรื่อยๆ ทำให้มีผู้เรียนทวีมากขึ้น อาคารเรียนเดิมที่มีอยู่จึงไม่เพียงพอต่อความต้องการ ชาวบ้านจึงได้บริจาคทรัพย์เพื่อสร้างอาคารเรียนเพิ่มอีก 2 หลัง การเรียนการสอนดำเนินมาถึงวันที่ 8 มีนาคม 2522 โต๊ะครูเจ๊ะหะ อูมา ได้ถึงแก่กรรม ปอเนาะจรรยาอิสลาม ไม่มีโต๊ะครูมาดำเนินการสอนแทน ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2525 มีโต๊ะครูคนใหม่ ชื่อนายอาลี มะสัน มาดำเนินการสอนแทนต่อ โดยเปิดวิชาศาสนาอย่างเดียว ตั้งแต่ชั้นปีที่ 1-7 วันที่ 28 กันยายน 2537 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จเยี่ยมโรงเรียนบ้านศาลาใหม่ร่วมกับโรงเรียนจรรยาอิสลาม และได้เปิดสอนวิชาชีพให้กับนักเรียนโรงเรียนจรรยาอิสลามและเยาวชนในท้องถิ่นเพื่อให้มีรายได้และเมื่อวันที่ 2 ตุลาคม 2538 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จเยี่ยมโรงเรียนบ้านศาลาใหม่เพื่อเปิดอาคารเรียนอเนกประสงค์โรงเรียนบ้านศาลาใหม่ ตลอดจนทรงพระราชดำริให้โรงเรียนบ้านศาลาใหม่ โรงเรียนจรรยาอิสลาม และชุมชนให้ความร่วมมือกับทางโรงเรียนดำเนินโครงการต่างๆให้ต่อเนื่อง ควรเพิ่มเติมวิชาสามัญในโรงเรียนจรรยาอิสลาม พร้อมให้ความรู้แก่นักเรียน สตรี เรื่องโภชนาการและการเลี้ยงดูเด็ก ศูนย์การบริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอตากใบ สถานศึกษาในสังกัดศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนจังหวัดนราธิวาสได้ดำเนินการจัดการเรียนการสอนสายสามัญให้กับโรงเรียนจรรยาอิสลามตั้งแต่ภาคเรียนที่ 2/2537 เป็นต้นมา และขยายการสอนด้านอาชีพตามอัธยาศัยจนถึงปัจจุบัน โต๊ะครูอาลี มะสัน ดำเนินการสอนจนถึงปี 2543 ก็ถึงแก่กรรม นายมาซี อูมา เป็นโต๊ะครูที่มาสอนต่อ ตั้งแต่เดือนพฤษภาคม 2543
วันที่ 16 พฤษภาคม 2548 โรงเรียนจรรยาอิสลามได้รับอนุญาตเปลี่ยนแปลงสภาพโรงเรียน จากสภาพ มาตรา 15(2) เป็นมาตรา 15(1) และเปลี่ยนแปลงหลักสูตรวิชาสามัญ เป็นหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ.2544 (ช่วงชั้นที่ 3) โดยมีนายโมหามะ อูมา เป็นผู้รับใบอนุญาต, นายมาซี อูมา เป็นผู้จัดการ และว่าที่ร้อยโท ดิลก ศิริวัลลภ เป็นครูใหญ่
ปัจจุบันโรงเรียนจรรยาอิสลามได้ขยายหลักสูตร เพิ่มแผนการเรียนท่องจำกรุอานและวิทยาศาสตร์ เพื่อสร้างนักวิทยาศาสตร์มุสลิม และแผนการเรียนคอมพิวเตอร์และภาษา เพื่อสร้างนักพัฒนาโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่มีความสามารถหลากหลายภาษา เพื่อตอบสนองต่อความต้องการของชุมชนและสังคม เตรียมพร้อมสูประชาคมอาเซียน พร้อมกับบูรณาการอิสลามเข้าในหลักสูตร เข้าไปในวิถีชีวิต
