โรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6 (บ้านซาไก) สร้างเมื่อ พ.ศ.2516 โดย นายหะมะ อาแย และนายเจริญพงศ์ วงศ์สวัสดิ์ ร่วมกับชาวบ้านในพื้นที่ สละกำลังกาย กำลังทรัพย์สร้างอาคารเรียนขึ้นมา ครั้งแรกเปิดสอน 2 ชั้นเรียน คือ ชั้นเด็กเล็กและชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 มีนักเรียนทั้งหมด 38 คน แต่ในขณะนั้นสถานการณ์ล่อแหลม ทางจังหวัดจึงประสานกับกองกำกับการตำรวจชายแดน เขต 9 ได้จัดให้ พลฯ ถวิล แก้ววิชิด ทำหน้าที่เป็นครูใหญ่ และพลฯ ประสิทธิ พุทธศรี (ยศขณะนั้น) ทำหน้าที่เป็นครูสอน
ปี พ.ศ. 2518 นักเรียนวิทยาลัยครูยะลาจำนวนหนึ่ง ได้มาสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ โดยย้ายจากที่เดิม ประมาณ 300 เมตร เป็นอาคารเรียนแบบ ป.01 ก ขนาด 3 ห้องเรียน มูลค่าประมาณ 50,000 บาท
ปี พ.ศ. 2519 อาคารเรียนทรุดโทรมมากจึงได้งบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดยะลา สร้างอาคารเรียนแบบ ป.01 ก ขนาด 2 ห้องเรียน
ปี พ.ศ. 2521 องค์การบริหารส่วนจังหวัดยะลาได้ส่งครูคนแรกเข้ามาทำหน้าที่สอนและต่อมาได้ทยอยบรรจุครูเข้ามาเรื่อย ๆ
ปี พ.ศ. 2525 ทางกองกำกับการตำรวจชายแดนเขต 9 ได้มีคำสั้งแต่งตั้งให้ จ.ส.ต.ถวิล แก้ววิชิด ไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนสังวาลวิทย์ 4 (สังกัด ต.ช.ด.) คงไว้เหลือแต่ครูขององค์การฯ โดยมีนายประเสริฐ ชูทอง ทำหน้าที่เป็นครูใหญ่
ปี พ.ศ. 2527 ผู้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ คือ นายสรายุทธ์ ไชยพันธ์ ต่อมาวันที่ 11 เมษายน พ.ศ. 2527 สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอธารโต ได้สั่งให้นายสรายุทธ์ ไชยพันธ์ ไปปฏิบัติหน้าที่งานนิเทศที่สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอธารโต จึงมอบให้นายประยงค์ วงศ์สวัสดิ์ รักษาการณ์ในตำแหน่งครูใหญ่ตั้งแต่วันที่ 18 เมษายน 2527 ถึงวันที่ 30 พฤษภาคม 2528 จากนั้นนายสรายุทธ์ ไชยพันธ์ ได้กลับมารับตำแหน่งเดิม จนถึงวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2530 จึงย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนบ้านแหร
นายพร้อม ศุภวรรณ มารับตำแหน่งครูใหญ่แทน
ปี พ.ศ. 2537 นางลั่น เทพรัตน์ รับตำแหน่งครูใหญ่ จนถึงวันที่ 15 พฤศจิกายน พ.ศ. 2544 และย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 5 และในวันศุกร์ที่ 16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2544 นายธรรมนูญ พัฒนทรัพย์ ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6
ปี พ.ศ. 2547 นายธรรมนูญ พัฒนทรัพย์ ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนที่จังหวัดทางภาคกลาง นายประยงค์ วงศ์สวัสดิ์ รักษาการณ์ในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6 จนถึงวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2550 และในวันที่ 27 เมษายน พ.ศ. 2550 นางประไพ ปุยุ ได้มารับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6 จนถึงวันที่ 3 มีนาคม พ.ศ. 2551
ปี พ.ศ. 2551 วันที่ 4 มีนาคม นางอาอีซะฮ์ สมาแอ รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน จนถึงวันที่ 28 กรกฎาคม 2552
ปี พ.ศ. 2552 วันที่ 29 กรกฎาคม 2552 นางสาวกชภัท เกื้อก่อยอด ได้มารับดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6 จนถึงวันที่ 10 มิถุนายน 2553
ปี พ.ศ. 2553 วันที่ 10 มิถุนายน 2553 นางอาอีซะฮ์ สมาแอ รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6 จนถึงวันที่ 23 พฤษภาคม 2554
ปี พ.ศ. 2554 วันที่ 24 พฤษภาคม 2554 นางซาลีตา เจะมิง ได้มารับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6 จนถึงวันที่ 10 พฤษภาคม พ.ศ. 2556
ปี พ.ศ. 2556 วันที่ 11 พฤษภาคม 2556 นางอาอีซะฮ์ สมาแอ รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6 จนถึงวันที่ 22 ธันวาคม 2559
ปี พ.ศ. 2559 วันที่ 23 ธันวาคม 2559 นางอาอีซะฮ์ สมาแอ ได้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6 จนถึงปัจจุบัน
ปัจจุบันโรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6 ได้เปิดทำการสอน ตั้งแต่ชั้นอนุบาล 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีผู้อำนวยการโรงเรียน 1 คน ข้าราชการครู 4 คน พนักงานราชการ 3 คน พนักงานรักษาความปลอดภัย 1 คน และที่ธุรการโรงเรียน 1 คน รวมทั้งสิ้น 10 คน
โรงเรียนนิคมสร้างตนเองธารโต 6 มีเนื้อที่ทั้งสิ้น 7 ไร่ มีอาคารเรียน 3 หลัง 4 ห้องเรียน อาคารอเนกประสงค์ 1 หลัง โรงอาหารแบบสร้างเอง 1 หลัง มีบ้านพักครู 4 หลัง และส้วม 2 หลัง
