En el año, 1949, inició el funcionamiento como CENTRO ESCOLAR MUNICIPAL GUADALUPE, siendo su primer director el profesor: Napoleón Efraín González hasta el año 1950 funcionando con el Tercer Ciclo y el Bachillerato. En este año a iniciativa del personal docente y siendo Ministro de Educación el Dr. Reinaldo Galindo Phol, se hace la propuesta del cambio de nombre al comité de selección del MINED, se manda el nombre de tres presidentes de América para seleccionar uno; y el comité selecciona el nombre de “Thomas Jefferson” en honor al tercer ex-presidente de los Estados Unidos. En 1971 el tercer Ciclo y el Bachillerato Fueron separados al fundarse los Bachilleratos Diversificados, y asume la Dirección el Profesor Napoleón Efraín González. En 1971 el MINED compra el terreno para construir el Edificio del Tercer Ciclo y el personal docente promueve el concurso de hacer el Logo de la Institución. Este Logo representa: al lado izquierdo la bandera de El Salvador, al lado derecho la bandera de Sonsonate unidas por una laza azul y blanco. En la cara interior de las banderas aparece una corona de laureles (triunfo) y al interior un ángel (luz del saber) que sostiene entre sus manos un libro donde descansa un Sol con tres Estrellas (tercer ciclo) y a los lados del ángel aparecen las palabras “FIAT LUX” “Hágase la luz”; entre los pies del ángel aparece la fecha 1971. En la parte de afuera de las banderas y dentro de un círculo se lee: COMPLEJO EDUCATIVO THOMAS JEFFERSON SONSONATE. En 1976, se inaugura el Edificio de Tercer Ciclo por el Presidente Aturo Armando Molina y se nombra como director al Profesor: Fernando Lemus; después fue director el Profesor Germán Rugamas, luego le sigue el Profesor José Thomas Menjívar y Eduardo Antonio calderón. A partir de Mayo de 1999, el MINED según acuerdo les cambió su denominación a los Centros Escolares y Complejos Educativos. Desde el año de 1996 a 1999 Asiste a la dirección la Profesora y Dr. En Química y Farmacia Ana del Carmen Castro García, la cual con ayuda de Consejo Directivo Escolar profesores y padres de familia realizo gestiones ante las autoridades de Educación en Sonsonate para fundar la primaria. Desde el 06 de Marzo del 2000, hasta el 2003 la Dirección estuvo a cargo del Ing. Saúl ángel Ventura Cortez, quién realizó gestiones para fundar el Bachillerato General, Comercial, Secretariado, Electrotecnia y además Parvularia; luego asiste como Directora la Lic. Marina Ester Villeda de Zarceño, luego fue nombrado por el consejo de profesores el Lic. Elías Ortiz Escobar, quien fungió como Director desde el 31 de Octubre del 2006 al 31 de Julio del 2008, posteriormente asume la Dirección de forma interina la Licenciada Bella Marina Rosales de Rodríguez, siendo su periodo de 01 de Agosto al 30 de Septiembre del 2008 y actualmente a partir del 01 de Octubre del 2008 através de nombramiento del Tribunal Calificador es el Lic. Candelario Ramírez Barrientos quién gestionó para fundar el Bachillerato Técnico Vocacional en Atención Primaria en Salud y el Bachillerato Técnico Vocacional en Infraestructura Tecnológica y Servicios Informáticos.
