A mediados de los años 40, la escuela del Cantón Los Magueyes fue fundada en una casa particular, propiedad del Sr. Ezequiel Iriondo, maestros de esa época Mercedes Ganuza y Estrella de Saldaña. En el año de 1963, llega a laborar a la escuela el Prof. Agustín Alfonso Morales. La escuela estaba ya ubicada en su predio actual. El cual había sido donado por Doña Alicia Gallegos propietaria del terreno de ese entonces dona legalmente el predio a favor del Ministerio de Educación.
En ese entonces había solamente dos secciones, primero y segundo grado; en aulas fabricadas por la Alcaldía Municipal.
Con la ayuda de los padres de familia construyen una galera y atienden a sexto grado y el Ministerio de Educación nombra más docentes Julio Saldaña, Carlos Santos, Fulvio Velásquez, Rafael Olivares, Elenita Vega y Mario Castro.
En el año de 1971, llega como directora de la institución la Profa. Ana Perla Perdomo, en cuya administración son construidas cuatro aulas.
En el 2000 se tiene una planta de diecisiete docentes que atienden veintinueve secciones desde Parvularia hasta noveno grado. Se cuenta con catorce aulas, algunas de ellas improvisadas. En el año 2001 fundó el Bachillerato a Distancia.
En año 2001 el Centro Escolar sufre daños graves en su infraestructura a raíz de los dos terremotos del 13 de enero y 13 de febrero que azotaron el territorio nacional, para lo cual tienen que improvisar aulas, mientras hacían las reparaciones pertinentes.
En el año 2002 la directora en funciones Licda. Ana María Díaz de García y el Consejo Directivo Escolar gestiona la construcción de 8 aulas.
En el 2003 el Centro Escolar es beneficiado con el Modelo Calidad con el cual se realiza la ampliación de la biblioteca, adquisición de equipo informático, se mejora la infraestructura.
En el 2005 se funda el Programa de Educación a Distancia con la ayuda de las Comunidades vecinas (ADESCOS) y el Consejo Directivo Escolar, iniciando con una sección de Primer Año de Bachillerato General (INED) que contaba con 32 alumnos/as; el día sábado de 7:00 a.m. a 12:00 m. Como coordinadora de Sede la Directora Licda. Ana María Díaz de García, tutor Prof. Santiago Vásquez y el Prof. Miguel Antonio Herrera Pérez como tutor Ad – Honoren
En el 2006 implementación del Tercer Ciclo a Distancia (PREBAD) con una sección de 7º y una de 8º grado, aumentado así las de bachillerato a dos una de primer año y otra de segundo año; contando con la ayuda de los alumnos de la Práctica Docente de la Universidad Panamericana (UPAN) por no contar con los recursos humanos suficientes. Brindando también atención a las personas adultas por medio del programa de alfabetización de adultos (PAEBA) en los niveles I, II, III, en el cual participaron ex – alumnos del Centro Educativo quienes fueron capacitados por la Departamental de Educación para que ellos realizarán sus horas sociales en el programa. Realizan reparaciones en el aula 8 para convertirla en aula CRA, donación del equipo informático para dicha aula por el MINED siendo inaugurada el 24 de septiembre del mismo año. La Profa. de Educación Especial Gilma Patricia Torres de Saldaña es asignada en el aula de apoyo educativo para tratar los problemas de aprendizaje en I y II ciclo. A partir del presente año el aula de apoyo ya no fue asignada a ningún docente,
Actualmente la planta es de veintiocho docentes que atienden 39 secciones desde Parvularia a noveno grado, se cuenta con 18 aulas y tres provisionales. El día sábado se tienen 3 secciones de Bachillerato de Aula Flexible Educación a Distancia, 2 de primer año y 1 de segundo año general, aumentando la planta docente a 1 coordinador tutor y 5 tutores nombrados por el MINED. Asignan en el año 2004 el encargado actual del Aula CRA dando inicio el programa de informática como apoyo en las clases a través de software educativo e Internet; se capacita a los docentes durante el año lectivo en cursos básicos de informática con los alumnos se forma un grupo de tutores de los grados de Tercer Ciclo Básica.
Para el año 2008 el Centro Educativo dio apertura al Programa EDUCAME.
En el 2010 se nombra en Consejo de Maestros a un Director Interino: Prof. Fausto Rodil Mendoza, quien empieza sus funciones como director en enero de 2011.En el año 2018 es reelegido como Director Interino para un segundo periodo
En el año 2012 y 2013 se construye el muro perimetral con aportes de la Alcaldía Municipal y de Padres de Familia así como la construcción del basurero con pared y enrejado para facilitar la extracción de la basura por parte del recolector de basura.
En el 2014 se construye el comedor, cocina y bodega en colaboración de FUNDAGEO y padres de familia. En el 2015 se realizo la instalación de extractores de calor en las aulas que ocupa el tercer ciclo, con el bono de operación y funcionamiento.
En el 2018 se ponen como objetivo nuevos proyectos que nuestra institución recibirá con el paso de los año.
El mes de junio del año 2019 el profesor Fausto Rodil Gómez Mendoza termina su interinato luego, posteriormente renueva contrato y continúa con el interino de Director del Centro Escolar Cantón Los Magueyes a la fecha.
A finales del año 2019, FUNDAGEO realiza un proyecto grande para la institución que tuvo como objetivo el cambio de techo para 3 pabellones, la pinta dentro y fuera de los mismos y la construcción de una acera escolar como cambio de fachada de la institución, para el año 2020 se espera que nuevos proyectos sean incluidos para el bienestar de los alumnos y alumnas de la escuela.
