Jána Krstiteľa v Trebišove začalo svoju činnosť 1. 9. 1995 ako prvé gréckokatolícke gymnázium na Slovensku. 25 rokov jeho existencie potvrdzuje, že úspešne nadväzuje na dobré tradície cirkevného školstva v meste Trebišov ako aj v jeho regióne. Vtedajším zriaďovateľom sa stal Gréckokatolícky biskupský úrad v Prešove, pričom boli otvorené dve triedy prvého a jedna trieda druhého ročníka štvorročného študijného odboru. Od 1. 2. 1997 sa škola dostala pod zriaďovateľskú pôsobnosť Viceprovincie sestier rádu sv. Bazila Veľkého v Sečovciach a od 1. 1. 2008 sa zriaďovateľom stáva Gréckokatolícka eparchia v Košiciach. Svojím zameraním výchovného pôsobenia v duchu zásad kresťanskej výchovy predstavuje škola alternatívu štátnej školy. Škola je ekumenická, otvorená pre všetkých, ktorí sa chcú vzdelávať v rodinnom prostredí, kde sa stráca anonymita a jednotlivec je dôležitý pre celé spoločenstvo. Súčasná pozícia školy v sieti stredných škôl, ale aj v živote spoločnosti, je významná a vonkajším prostredím hodnotená pozitívne. Dobré výsledky, vysoká kvalita vzdelania i pozitívna prezentácia školy jej absolventmi sú výrazom úsilia i zanietenia všetkých tých, ktorí v škole pôsobia.
Školský vzdelávací program (ŠkVP) sa nesie v duchu: „ Moderná škola rodinného typu“, v rámci ktorého je prioritnou snahou, aby inštitúcia bola v určitom zmysle veľmi nová a moderná a zároveň starobylá a tradičná. Moderná v organizácii práce, v otvorenosti novým poznatkom, v aktívnom postoji k súčasnému dianiu, v tvorivosti. Tradičná naopak, v hlbokom pohľade na svet a na život, s dôrazom na slušnosť, charakter a zásadovosť.
Škola už niekoľko rokov ponúka kvalifikovanú výučbu 4 cudzích jazykov – anglický, nemecký, talianský a ruský s podporovanou výučbou zahraničných lektorov. Stále väčšiu popularitu si každoročne získavajú najmladšie predmety vzdelávacieho programu školy - ekonomika a psychológia, ktoré obsahovou náplňou a časovou dotáciou pokrývajú záujem a dotvárajú na gymnáziu široké spektrum všeobecného vzdelania a prípravy na štúdium akejkoľvek vysokej školy. Plne kvalifikovaný pedagogický kolektív zabezpečuje nielen vyučovací proces ale umožňuje rozvoj schopností a talentu študentov aj v rámci záujmových krúžkov. Výsledkom ich činnosti sú rôzne vystúpenia, prezentácie, publikácie vo forme zborníkov a školského časopisu ako aj účasť a úspešná reprezentácia školy na súťažiach a olympiádach. Veľkým úspechom školy bolo ocenenie dvoch študentiek ministrom školstva najvyšším vyznamenaním – Pamätným listom sv. Mimoriadne dôležitú úlohu plní škola v oblasti charitatívnej činnosti a dobrovoľníckej práce. Spoluparticipovanie v rámci celoslovenských akcií (Biela pastelka, Úsmev ako dar, Dobrá novina, Valentínska a Študentská kvapka krvi, Perníčky) alebo aktívna spolupráca so Slovenským Červeným krížom pri projektoch venovaných nezaopatreným deťom, ľuďom v núdzi, príp. ohrozovaným matkám vedie mladých ľudí k napĺňaniu životného posolstva – byť nápomocný a žiť pre niekoho. Veľkú úlohu v tejto oblasti zohráva aj na škole pôsobiaci Miestny spolok SČK, ktorého členmi sú žiaci školy. Na túto činnosť voľne nadväzujú aj aktivity v duchovnej oblasti, napr. Noc s Bibliou, duchovné cvičenia, exkurzie a najmä pravidelne organizovaná Púť do Ríma. Celý vyučovací proces prebieha komplexne v škole, okrem hodín telesnej výchovy, ktoré sa sčasti realizujú v telocvični blízkej základnej školy a sčasti na ihrisku v areáli školy. Cirkevné gymnázium v Trebišove disponuje odbornými učebňami a laboratóriami pre vyučovanie informatiky, chémie, fyziky, biológie, cudzích jazykov a multimediálnou učebňou. Škola je plne internetizovaná,
Povzbudenie ducha prináša aj možnosť návštevy školskej kaplnky. Stravovanie študentov je zabezpečené v príjemných priestoroch školskej jedálne, kde si majú možnosť vybrať z troch druhov jedál (mäsité, bezmäsité a múčne).
