Историю начинает с указа Петра I от 14 января (25 января по нов.стилю) 1701 г. под названием Школа математических и навигацких наук (Навигацкая школа) и первоначально размещался в Москве, в Сухаревой (Сретенской) башне. Навигацкая школа стала первым в России высшим светским учебным заведением. Его становление связано с именем адмирала Ф.А.Головина.
Навигацкая школа была рассчитана на 200 учащихся и готовила специалистов не только для флота, но и для армии, а также для гражданской государственной службы. I октября 1715 г. в новой столице России - Санкт-Петербурге - по примеру французских военно-морских училищ и на базе старших классов Навигацкой школы была основана Академия морской гвардии (Морская академия), чисто военное учебное заведение для подготовки офицеров флота.
15 декабря 1752 г. Навигацкая школа была упразднена, а Морская академия преобразована в Морской шляхетный корпус. С 1802 г. слово "шляхетный" было исключено из названия корпуса.
2 июня 1867 г. Морской кадетский корпус переименовали в Морское училище, согласно Уставу училища отнесённого к разряду высших учебных заведений с четырехлетним сроком обучения.
В 1891 г. Морское училище было вновь переименовано в Морской кадетский корпус с 6-летним сроком обучения.
6 ноября 1914 г. Николай II назначил шефом корпуса своего сына - цесаревича Алексея Николаевича, и учебное заведение получило наименование "Морской Его Императорского Высочества Наследника Цесаревича Корпус". В 1916 г. корпус был переименован в "Морское Его Императорского Высочества Наследника Цесаревича Училище" (1916 г.). Морское училище продолжало работу до марта 1918 г., когда было расформировано в соответствии с декретом о роспуске старого Флота и создании РККФ.
Значительный вклад в развитие Морского корпуса и военно-морского образования в России в этот период внесли его руководители. Особое место среди них занимают адмирал И.Ф.Крузенштерн, памятник которому установлен на набережной перед зданием института, контр-адмирал В.А.Римский-Корсаков.
15 сентября 1918 г. было объявлено о создании в Петрограде Курсов командного состава флота. 30 июня 1919 г. Курсы реорганизованы в Училище командного состава флота (УКСФ) со сроком обучения 3,5 года.
22 октября 1922 г. УКСФ было преобразовано в Военно-морское училище (ВМУ), которому 7 января 1926 г. присвоили имя М.В.Фрунзе. Постановлением Совнаркома СССР от 19 мая 1939 г. ВМУ имени М.В.Фрунзе было отнесено к разряду высших учебных заведений первой категории.
За долгие годы существования училища оно подготовило более 30 тыс. офицеров флота. Более тысячи воспитанников училища, в том числе гардемаринов и курсантов погибли в боях за Родину. Сотни выпускников были удостоены высших боевых наград: ордена Св.Георгия, золотого оружия с надписью "за храбрость", ордена Св.Николая Чудотворца, ордена Красного Знамени и других. Только во время Великой Отечественной войны 52 питомца училища стали Героями Советского Союза, 750 человек - кавалерами орденов Ушакова и Нахимова.
Среди выпускников училища выдающиеся мореплаватели, флагманы флота, национальные герои России - Д.Н.Сенявин, М.П.Лазарев, П.С.Нахимов, В.А.Корнилов, художники А.П.Боголюбов и В.В.Верещагин, учёные А.С.Шишков, А.Н.Крылов, А.И.Берг, Б.Б.Голицын, А.Н.Рыкачев, писатели В.И.Даль, К.М.Станюкович, Л.И.Соболев, С.А.Колбасьев, композитор Н.А.Римский-Корсаков, оперный певец Н.Н.Фигнер, революционеры Н.А.Бестужев, Н.Е.Суханов, А.П.Штромберг, П.П.Шмидт, изобретатель самолёта А.Ф.Можайский, крупный предприниматель и организатор промышленности Н.И.Путилов и другие известные деятели.
В советский период училище было награждено Почётным революционным Красным знаменем ЦИК Союза ССР (1936 г.), орденами Ленина (1939 г.), Ушакова 1-й степени (1951 г.). Годовой праздник училища, соответствующий дате его основания - 14 (25) января 1701 г. - был установлен приказом наркома ВМФ № 317 от 22 июня 1940 г. До 1917 г. праздник Морского корпуса ежегодно отмечался 6 ноября - в день Св.Павла Исповедника (небесный патрон Павла I) в честь которого была освящена корпусная церковь.
