A marosvásárhelyi Református Kollégium alapítása 1557-ben, a reformáció hajnalán, az Erdélyi Fejedelemség megszilárdulásának idején történt, amikor az egyre erősebbé váló református közösség számára országgyűlési határozattal tették lehetővé, hogy az elnéptelenedett kolostorok helyén oktatási intézményeket alapítson. Marosvásárhelyen a város vártemplomának északkeleti oldalához épített régi épület
rész biztosított helyet az új iskolának, mely azelőtt a Ferenc-rendiek otthona és intézete volt. E szerencsés választásnak köszönhetően az ősi falak ma is láthatóak, a vártemplom gótikus termében tábla állít emléket a hajdan ott működő iskolának. Az egyik, kéziratban ránk maradt megállapítás szerint a „Scholában a teológiát oly fokon tanították, hogy innen külföldi egyetemekre vagy pedig egyenesen papságra mehettek az ifjak.”
A mai értelemben vett tantestület sok esetben egyetlen személyből, az iskolamesterből állt, akit egyes dokumentumok rektornak is neveznek. A Schola legelső ismert rektora, Laskai Csókás Péter mintegy másfél esztendeig állt az intézmény élén. Valamennyi tantárgyat valószínűleg egymaga tanított, mintegy tíz nyelven beszélt, előadásait nyomtatásban is megjelentette 1581-ben Brassóban, Speculum exilii (Száműzetésnek tükre) címmel. Legjelentősebb alkotása a Calepinus-féle tizenegy nyelvű szótár (1585) magyar szókészletének összeállítása. Elsőként szerez polgárjogot a magyar nyelvnek az európai nyelvek között. Baranyai Decsi Czimor János 1593–1601 között volt az iskola igazgatója. Humanista író és az első ismert, magyar közmondásgyűjtő. Több mint ötezer görög–latin–magyar közmondást adott közre, őt tekintik a magyar példabeszéd-irodalom megteremtőjének. Az iskola első 35 igazgatója közül 23 cserélte fel a tanári hivatást a papi státusra – ezek közül kettő püspök is lett.
1600–1601-ben a várat feldúlták Basta zsoldosai, ezért az iskola átköltözött a szomszédos dombra, arra a helyre, ahol ma is áll. század végéig iskolánk ,,schola particula’’ volt, azaz alá volt rendelve hol a kolozsvári, hol a gyulafehérvári – nagyobb, rangosabbnak tekintett - kollégiumnak, amely előírta számára a megtanítandó tananyagot, s kinevezte tanárait. A partikula-státus 1718-ban változott meg: ebben az évben, április 30-án egyesült a sárospataki kollégium azon részével, amely hosszú hányattatás után végül is Marosvásárhelyen talált menedéket. A sárospataki kollégium diákjait és tanárait a vallási türelmetlenség űzte ki otthonukból még 1671 októberében, amikor II. Rákóczi György özvegye, Báthori Zsófia férje halálát követően visszatért a katolikus hitre, és elűzte Sárospatakról a református kollégiumot. Először Gyulafehérváron húzódtak meg, majd rövid ideig egy ahhoz közel eső helységben, Boroskrakkóban, végül pedig Marosvásárhely fogadta be őket. A velük való egyesülés a marosvásárhelyi Schola történetének egyik legjelentősebb eseménye volt. Az egyesítéssel mindkét iskola jól járt. A sárospatakiak biztonságos otthont találtak a székelyek fővárosában, a Schola pedig kollégiumi, azaz főiskolai rangra emelkedett. A főiskola képzett lelkészeket és széles látókörű világiakat nevelt.Az iskola életében döntő jelentőségű volt az 1769-i marosvásárhelyi tanterv és utasítás, mely az összes erdélyi felsőbb iskolák tanítási rendjét szabályozta, és általában az értelemre való hatást és a valláserkölcsi nevelést szorgalmazta.
1802-ben épült fel az épület, amelyben ma a bentlakás található. A XVIII. század vége felé a kollégium tanárai között számos olyan tudós elmét, elsősorban filozófust találunk, aki komoly hatással volt kora szellemi életére, illetve egyéni teljesítményei kora nemzetközi élvonalába helyezik: Fogarasi Pap József bölcseleti doktor, Csernátoni W. Sámuel filozófus, Köteles Sámuel filozófus. Bolyai Farkast 1804 februárjában hívták meg a matematika–fizika–kémia tanszék professzorának, és ugyanabban az évben, május 4-én tartotta meg székfoglaló beszédét. A várost többé nem hagyta el, itt élte le életének hátralevő 52 esztendejét egy szerény, az akkori viszonyok polgári ízlésének is alig megfelelő tanári szálláson, a mai Köteles Sámuel utcában. A reformkorban a nemzeti ébredés hatása alatt, a kollégium élete megpezsdült. 1833-tól minden felsőbb tudományt magyarul oktattak. A márciusi eszmék páratlan gyorsasággal lobbantották lángra az ifjak lelkét. A kollégiumban 1848-ban felfüggesztették a tanítást – épületét kórháznak használták –, s csak a szabadságharc leverése után indították újra. A marosvásárhelyi református jogakadémia legnevesebb professzora Makfalvi Dósa Elek, Erdély első jogi doktora, 1831 és 1848 májusa között működött a marosvásárhelyi jogi akadémián. 1866-ban szülővárosa a pesti országgyűlés képviselőjének választotta, a képviselőház pedig alelnökének. Török János tanár, a függetlenségi harc vértanúja, 1848 nyarán századosként részt vett a székely ifjúság katonai kiképzésében. 1852-től részt vett a Makk-féle – Habsburg abszolutizmus elleni – összeesküvésben. Mint az összeesküvés egyik vezérét, 1854-ben kétévi fogház és vallatás után a marosvásárhelyi Posta-réten kivégezték. 1874-ben emlékoszlopot állítottak a kivégzés helyén, amit a székely vértanúk emlékoszlopaként ismer a város lakossága. Szabó Sámuel tíz éven át természettudományokat és magyar irodalomtörténetet tanított. Rövid tüzérségi kiképzést kapott, a szabadságharc bukásának következtében egy ideig bujkált. A kiegyezés után a béke biztonságára alapozott gazdasági fejlődés a kollégium életét is kedvezően befolyásolta. Ennek a korszaknak az emlékét számos olyan tabló őrzi, amelyek mindegyike felér egy iparművészeti alkotással. Koncz József, a kollégium könyvtárosaként rengeteg forrást felkutatva megírta a kollégium könyvtárának történetét, majd a kollégium történetét 1556-től 1896-ig. Az első világháború kitörése az iskola nyugalmát is feldúlja, tanárokat és volt diákokat visznek el katonának. 1920 után az impériumváltással nehéz idők köszöntöttek az iskolára. A tanárok életét megkeserítették az akkor még alig ismert román nyelvből teendő nyelvvizsgák, a diákokét pedig az érettségi vizsgák. A vizsgákon a jelentkezők nagy hányadát elbuktatták, nagy sikernek számított, ha a diákok 40–45%-a átment. Bernády György polgármester, aki az iskola főgondnoka is volt, nagy politikai tekintélyével igyekezett az iskolára nehezedő nyomást enyhíteni.
1941–1942 között az iskola ismét erőre kaphatott, az idevágó emlékek jelentős része a diákok önszerveződéséhez vagy a cserkészmozgalomhoz kötődik. Ebben az időszakban, a háborús években és a kommunista hatalomra való áttérés időszakában, Nagy Endre igazgató csaknem húsz évig állt a kollégium élén. A magán- és felekezeti iskolák államosítása a Nagy Nemzetgyűlés által 1948. augusztus 3-án megszavazott Tanügyi Reform előírásai alapján történt. Ezen előírások hatályba lépésétől kezdve az állam tartotta fenn, irányította és ellenőrizte az összes tanintézetet. Így a marosvásárhelyi Református Kollégium javai is állami tulajdonba kerültek, a vallási rendeltetésű tárgyakat a református egyháznak adták át. Bolyai Farkas halálának 100. évfordulója alkalmából háromnapos megemlékezés-sorozatot tartottak 1956. november 16–18. között. Az ünnepi gyűlésen jelentették be, hogy a kormány döntése értelmében az ősi iskola felveszi leghíresebb professzorának nevét. A kezdeményezés három évvel korábban kinevezett fiatal igazgatótól, Kozma Bélától származott. A rákövetkező évben, 1957. szeptember 8-án és 9-én ünnepelték az iskola fennállásának 400. évfordulóját. Jelentős anyagi ráfordítással külső-belső felújítást végeztek, az iskola előtti téren leleplezték a két Bolyai szobrát, a teret is róluk nevezték el.
1960-ban megjelentek az iskolában a román tannyelvű osztályok, az ezt követő 5 évben fokozatosan bevezették a 8 osztályos elemi oktatást, így visszaállt a 12 éves össztanulmányi idő. A rendszerváltás után újraindult a református felekezeti oktatás: az 1944-ben létesült tagozat 2000-ben válik külön intézménnyé. A két, egy tőről fakadó iskola közösen használja az épületet, amely immár újra egyházi tulajdon. A Bolyai Farkas Elméleti Líceumban 2005 szeptemberétől ismét csak magyar tannyelvű osztályok vannak. Az intézményben 1100 diák tanul, kb. 100 az elemi alsó, 100 az elemi felső tagozatán, 900 pedig a középiskolai IX–XII. osztályokban.
1989 előtt csak reál tagozat működött, ettől kezdve újra kiépült a humán tagozat. Most a tanulók kb. 60%-a reál, 40%-a pedig humán tagozatra jár. Iskolánknak kb. 75 címzetes tanára van. Az újraindult Református Kollégiumban 250 diák tanul teológiai, illetve világi profilú osztályokban. Az iskola célja: a hit cselekvő erővé alakítása, ami az alapításkor kitűzött célokkal cseng egybe.
