Instytut Chemii Organicznej Polskiej Akademii Nauk został powołany w celu prowadzenia badań podstawowych w szeroko pojętej chemii organicznej, która obejmuje syntezę, badania struktury, dynamikę i właściwości spektralne związków organicznych. Obecnie Instytut prowadzi badania w następujących obszarach:
- nowe metody syntezy związków organicznych, przede wszystkim: reakcje karboanionów, reakcje wymiany nukleofilowej, addycji i cykloaddycji;
- kataliza molekularna – kataliza przeniesienia międzyfazowego, metateza, organokataliza;
- metodologia syntezy asymetrycznej;
- synteza związków o zadanej strukturze, w tym związków naturalnych i ich analogów;
- niekonwencjonalne metody syntezy organicznej, w tym w warunkach bardzo wysokiego ciśnienia, na podłożu stałym, w warunkach promieniowania mikrofalowego;
- enzymy i mikroorganizmy w syntezie organicznej;
- wybrane zagadnienia chemii supramolekularnej, w tym synteza oraz badanie struktury i reaktywności związków heterocyklicznych i makrocyklicznych;
- rozwój metod NMR i ich zastosowania w chemii organicznej;
- badania reakcji jonów w fazie gazowej z wykorzystaniem technik spektrometrii mas;
- badania struktury i dynamiki związków organicznych z wykorzystaniem technik NMR, MS, IR, CD/UV i rentgenograficznych;
- zastosowania obliczeń kwantowo-chemicznych do przewidywania właściwości cząsteczek związków organicznych. Oprócz programów w dziedzinie badań podstawowych, w Instytucie prowadzone są prace w dziedzinie technologii organicznej i syntezy organicznej dla celów przemysłowych ukierunkowanej przede wszystkim na syntezę aktywnych substancji leków. Instytut posiada prawo do nadawania stopnia doktora nauk chemicznych oraz doktora habilitowanego nauk chemicznych, a także prawo do prowadzenia postępowania o nadanie tytułu naukowego profesora nauk chemicznych. Rocznie powstaje w Instytucie 90-120 publikacji naukowych, z których większość ukazuje się w czasopismach wysokim współczynniku oddziaływania (‘impact factor’). Średni IF prac opublikowanych w 2011 roku wyniósł 3,11 (2010 - 3,36; 2009 - 3,17). Instytut zatrudnia obecnie (stan na 31.12.2011) 159 pracowników, z tego 105 osób zaliczanych jest do grona pracowników naukowych, a mianowicie: 14 profesorów zwyczajnych, 6 profesorów nadzwyczajnych, 5 adiunktów, 21 asystentów, 22 asystentów-doktorantów i 37 doktorantów. Pozostałe osoby zaliczane są do grona pracowników inżynieryjno-technicznych, pomocniczych i administracji. Instytut dysponuje własnym budynkiem hotelowym (45 pokoi i apartamentów), w którym oferuje zakwaterowanie doktorantom oraz gościom odwiedzającym Instytut. Pracownicy Instytutu z powodzeniem aplikują o granty zarówno ze źródeł krajowych (Granty MNiSW: własne, promotorskie, zamawiane; w roku 2011 Instytut realizował 44 projekty MNiSW i NCN, 9 projektów FNP oraz 11 z innych środków), jak i zagranicznych (projekty w ramach programów ramowych FP5, FP6, FP7: prof. Daniel Gryko, prof. W latach 2003-2006 Instytut był koordynatorem Centrum Doskonałości CEDNETS (Center of Excellence in Development of New Therapeutics from Sugars; kierownik prof. Sławomir Jarosz), w ramach którego zorganizował 3 międzynarodowe konferencje oraz 4 międzynarodowe sympozja dla doktorantów. W latach 2006-2008 Instytut był koordynatorem ze strony polskiej (przedstawiciele IChO: prof. Sławomir Jarosz, prof. Marek Chmielewski) międzynarodowego projektu ERA Chemistry , finansowanego przez Unię Europejską w ramach 6 Programu Ramowego. Konsorcjum ERA Chemistry zrzeszało 14 partnerów z 12 różnych krajów i promowało wspieranie oddolnych inicjatyw współpracy międzynarodowej w dziedzinie chemii. Pracownicy Instytutu aplikowali z powodzeniem również o granty z funduszy strukturalnych. W ostatnim czasie uzyskano finansowanie kilku projektów w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka. Niewątpliwie najbardziej znaczącym wśród nich był projekt POIG (działanie 1.1.02): „Cukry jako surowce odnawialne w syntezie produktów o wysokiej wartości dodanej”, realizowany przez konsorcjum, którego liderem jest Instytut Chemii Organicznej PAN (kierownik projektu: prof. Sławomir Jarosz, całkowita dotacja na 5 lat 25,5 mln PLN, z czego ok. 15,3 mln PLN dla trzech zespołów badawczych IChO PAN). W skład konsorcjum, poza IChO PAN, wchodzą: Instytut Chemii Fizycznej PAN, Politechnika Warszawska, Uniwersytet Gdański, Uniwersytet Łódzki i Politechnika Śląska. Inne projekty koordynowane przez IChO PAN: „Opracowanie syntezy substancji farmaceutycznej ezetymibu – selektywnego inhibitora wchłaniania cholesterolu” w ramach inicjatywy „IniTech” (kierownik: prof. Marek Chmielewski); „Zastosowanie farmaceutyczne związków dendrymerycznych zawierających aminokwasy” (kierownik: prof. Zofia Lipkowska). Ponadto w IChO PAN realizowane są projekty POIG, w których Instytut występuje jako członek konsorcjum:
„Biotransformacje użyteczne w przemyśle farmaceutycznym i kosmetycznym” (kierownik zadania w IChO: prof. Ryszard Ostaszewski) – koordynator Politechnika Wrocławska;
„Metagenomy jako źródło nowoczesnych narzędzi bio-technologicznych służących do bioremediacji i biotransformacji” (kierownik zadania w IChO: prof. Witold Danikiewicz) – koordynator Instytut Biochemii i Biofizyki PAN (IBB PAN);
„Zastosowanie pochodnych poliizoprenoidów jako nośników leków i regulatorów metabolizmu” (kierownicy zadań w IChO: prof. Marek Chmielewski, prof. Witold Danikiewicz) - koordynator IBB PAN. Pracownicy Instytutu uzyskali również kilka prestiżowych Grantów Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej: w programie MISTRZ (prof. Mieczysław Mąkosza, prof. Janusz Jurczak, prof. Karol Grela), w programie TEAM (dr hab. Dorota Gryko, prof. nadzw., prof. Daniel Gryko), w programie POMOST (dr hab. Agnieszka Szumna, prof. nadzw.), w programie HOMING PLUS (dr Jarosław Kowalski), a także liczne Granty w innych projektach FNP (Ventures, Kolumb, Start). Instytut organizuje corocznie Szkołę Nowoczesnej Chemii Organicznej dla studentów czwartego i piątego roku studiów magisterskich z uczelni całego kraju. W 2012 roku odbyła się już XXI Szkoła z tego cyklu. Instytut organizuje także doroczne Warsztaty Chemiczne dla stypendystów Krajowego Funduszu na Rzecz Dzieci (koordynator prof. Instytut bierze udział w programie IAESTE.
