Zakład Wirusologii Molekularnej UAM

Zachęcamy do zapoznania się z nową publikacją pracowników Zakładu Wirusologii Molekularnej dotyczącą sekwencji intronowych w genomach bakteriofagów.

Polecamy najnowsze wydanie książki „Wirusologia” autorstwa pracowników Zakładu Wirusologii Molekularnej UAM.

🌼 W sierpniu nasi księgarze polecają książkę „Wirusologia” 📚
Do końca miesiąca we wszystkich księgarniach stacjonarnych publikacja będzie dostępna z rabatem 25%! 😍
"Wirusologia" w nowym wydaniu to podręcznik skierowany do studentów: biologii, biotechnologii, weterynarii, nauk medycznych na uniwersytetach i uczelniach medycznych.
Co nowego znajduje się w zaktualizowanym wydaniu?
🔸 Rozdział, w którym opisano wybrane najnowsze metody stosowane w wirusologii do detekcji wirusów, ich charakterystyki oraz badania oddziaływania wirusów z czynnikami komórkowymi;
🔸 Podrozdziały, w których przedstawiamy nowe dane odnoszące się do badań epidemiologicznych, sposobów pozyskiwania szczepionek przeciwwirusowych nowych generacji oraz otrzymywania i wykorzystania syntetycznych wirusowych cząstek w badaniach wirusologicznych;
🔸 Podrozdziały dotyczące roli autofagii w cyklu życiowym wirusów, sposobów transmisji wirusów, dane na temat możliwości wykorzystania wirusów jako broni biologicznej oraz najnowszą klasyfikację wirusów.
Serdecznie polecamy i zapraszamy do naszych księgarń 😊 Ich adresy znajdziecie tutaj 👉 https://bit.ly/Nasze-księgarnie.

Już 12-go lipca premierę będzie miała książka "Wirusologia" autorstwa pracowników Zakładu Wirusologii Molekularnej UAM. Jest to drugie wydanie uzupełnione o nowy rozdział, w którym opisano wybrane, najnowsze metody stosowane w wirusologii do detekcji wirusów, ich charakterystyki oraz badania oddziaływania wirusów z czynnikami komórkowymi. Ponadto, podręcznik został także zaktualizowany nowymi danymi odnośnie badań epidemiologicznych, sposobów pozyskiwania szczepionek nowej generacji oraz otrzymywania i wykorzystania syntetycznych cząstek wirusowych w badaniach wirusologicznych. Podręcznik skierowany jest do studentów biologii, biotechnologii, weterynarii, nauk medycznych na uniwersytetach i uczelniach medycznych oraz do wszystkich zainteresowanych światem wirusów. Już teraz nowe wydanie "Wirusologii" można zamawiać w przedsprzedaży w promocyjnej cenie (https://ksiegarnia.pwn.pl/Wirusologia,956445051,p.html?gclid=CjwKCAjwzeqVBhAoEiwAOrEmzYAlGI4iIaZRgc51Ynh6oqBNGDohk5SiQjh6Df8rSfKiYhYgp3_GWxoChd4QAvD_BwE). Zachęcamy do lektury.

Wirusologia Wirusologia jest jedną z dziedzin biologii, bardzo intensywnie rozwijającą się w ostatnich dziesięcioleciach. Szczególny postęp w tej dziedzinie stał się możliwy w związku z rozwojem technik biologii molekularnej, pozwalających na szybką detekcję nowych wirusów, jak również ich char...

Niedawno w czasopiśmie International Journal of Molecular Sciences (MDPI) opublikowany został nowy artykuł pracowników Zakładu Wirusologii Molekularnej UAM. W publikacji zatytułowanej "Functional Studies of Plant Latex as a Rich Source of Bioactive Compounds: Focus on Proteins and Alkaloids" autorzy poddają analizie rolę lateksu w fizjologii i odporności roślin ze szczególnym uwzględnieniem kilku grup zawartych w nim związków. Link poniżej.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8620047/

W dniu dzisiejszym dotarła do Nas zaskakująca i miła wiadomość. Kierownik Zakładu Wirusologii Molekularnej, prof. Robert Nawrot, otrzymał grant Narodowego Centrum Nauki Preludium BIS.

Serdecznie gratulujemy sukcesu !!!!

W Życie Uniwersyteckie ukazał się krótki artykuł, w którym pracownicy (prof. UAM dr hab. Robert Nawrot, dr Joanna Gracz-Bernaciak) i doktoranci (mgr Oliwia Mazur) z Pracowni Wirusologii Molekularnej przedstawiają swoje badania nad glistnikiem jaskółcze ziele (Chelidonium majus L.) i zawartym w nim białkami. Zapraszamy do lektury (strona 15).

https://uniwersyteckie.pl/sites/default/files/archiwum-ZU/pdf/ZU%2001%20styczen%202022%20NET%20HR%20w%20srodku%20-%20mniejszy.pdf =19

Wyobraźmy sobie świat, w którym znowu podróżujemy bez żadnych problemów, granice są otwarte, transport międzynarodowy odbywa się bez przeszkód, pomimo trwającej pandemii COVID-19. Większość pewnie pomyśli: zbliża się jesień, czwarta fala. Nie, to niemożliwe.

Jeżeli jednak wykorzystamy nowe rozwiązania oparte o uczenie maszynowe to przedstawiony scenariusz nie będzie już tylko marzeniem.

Pilotażowy system, nazwany „Eva” jest testowany od sierpnia 2020 na wszystkich granicach Grecji. Wielu mieszkańców tego kraju w znacznym stopniu opiera swój dochód na turystyce i/lub eksporcie. Grecja „żyje” z turystyki, dlatego aby utrzymać płynność finansową władze dążą do pozostawienia otwartych granic. Jednak w obecnej sytuacji kluczowe jest pogodzenie zysków z utrzymywaniem poziomu zachorowań na COVID-19, na jak najniższym poziomie. Stąd przechodzimy do „wąskiego gardła” całego procesu, czyli testowania. Nie da się testować wszystkich osób przybywających do danego kraju, w danym momencie. Wynika to z przepustowości laboratoriów i kosztów takiego przedsięwzięcia. Wyliczono, że w szczycie sezonu możemy poddawać testom jedynie 18,4% przybywających podróżnych.

Ale jak wybrać kto ma wykonać test? Każdy uzyskany negatywny wynik jest stratą pieniędzy, ale pozytywny wiąże się już z dużymi oszczędnościami. Strategia powinna dążyć więc do ograniczenia liczby testów, ale zwiększenia ilości wyników dodatnich. Ale jak wybrać podróżnych, którzy stanowią „grupę ryzyka”?

Człowiek nie ma takich możliwości, więc konieczne jest zastosowanie odpowiedniego oprogramowania. Każdy pasażer przybywający do Grecji musi wypełnić formularz lokalizacyjny, który zawiera najważniejsze informacje: wiek, płeć, kraj z jakiego przybywa, gdzie był w ciągu ostatnich 24h. Wystarcza to aby system wytypował przybywających, którzy mogą być potencjalnymi nosicielami wirusa i kierować ich na testy. Aby optymalnie wybrać takie osoby badacze założyli dwa cele: testowanie osób z „grup ryzyka” w oparciu o dane dotyczące zidentyfikowanych zakażeń oraz testowanie tych osób, o których algorytm wie jak najmniej np. istnieje mało danych dotyczących poziomu infekcji w rejonie skąd przylatują. Algorytmy muszą nieustannie się uczyć i analizować dane, ale także być o krok do przodu, przewidywać jak może rozwijać się sytuacja epidemiologiczna w poszczególnych regionach. Co więcej, muszą brać pod uwagę, że niektóre dane epidemiologiczne mogą spływać z opóźnieniem.

Wyniki, jakie uzyskano w Grecji okazały się imponujące. System 2-krotnie zwiększył efektywność testowania, pozwalając na obejmowanie kwarantanną pozytywnych przypadków, osób często całkowicie bezobjawowych. Co więcej, był on zdolny przewidywać tempo wzrostu infekcji w danym rejonie nawet 9 dni szybciej niż dokonywano tego na podstawie jedynie danych epidemiologicznych.

Tym samym opracowany system może okazać się rozwiązaniem problemu w wielu miejscach, których nie chcemy zamykać ze względów ekonomicznych, ale jednocześnie zależy nam na ograniczeniu rozprzestrzeniania się choroby.

Więcej na ten temat można znaleźć w artykułach:
A machine-learning algorithm to target COVID testing of travellers (https://www.nature.com/articles/d41586-021-02556-w -CR1)
Efficient and targeted COVID-19 border testing via reinforcement learning (https://www.nature.com/articles/s41586-021-04014-z)

Dlaczego wariant delta koronawirusa SARS-CoV-2 jest znacznie bardziej niebezpieczny?

Od kilku tygodni mamy względnie stałą, małą liczbę dziennych zakażeń. Jednak już teraz obawiamy się kolejnej, jesiennej fali zachorowań na COVID-19. Rząd i media ostrzegają przed nowym wariantem wirusa tzw. delta lub inaczej indyjskim. Czy i dlaczego, powinniśmy się go obawiać?

Zacznijmy od tego czym jest wariant wirusa.
Wariant jest to wirus różniący się genetycznie od wirusa wykorzystywanego jako referencyjny („złoty standard”). Różnice te dotyczą pojedynczych miejsc w ich materiale genetycznym i są to tzw. substytucje, czyli jedna podjednostka, nukleotyd w RNA wirusa jest zamieniony na inny. Takie zmiany nie są na tyle duże aby mówić o całkowicie nowym wirusie, ale mogą one wpływać na jego cechy np. zmieniać jego wytrzymałość, zdolność do zakażania komórek, czy zapewniać oporność na leki. Powstawanie takich pojedynczych mutacji jest procesem całkowicie spontanicznym i naturalnym dla każdego materiału genetycznego (także DNA komórek ludzkich). W przypadku wirusów jest to proces bardzo częsty, który zapewnia im zmienność konieczną do przetrwania, czyli pozwala na skuteczne ukrywanie się przed układem odpornościowym.

W przypadku koronawirusa SARS-CoV-2 do tej pory zidentyfikowaliśmy cztery, główne warianty, różniące się przede wszystkim sekwencją kodującą białko kolca. Dla ułatwienia, zgodnie z wytycznymi WHO wprowadzono dla nich nazwy będące kolejnymi literami w alfabecie greckim, czyli: alfa (wariant brytyjski), beta (wariant południowoafrykański), gamma (wariant brazylijski) i delta (wariant indyjski).

Wariant delta nazywany jest potocznie indyjskim, ponieważ został zidentyfikowany po raz pierwszy w Indiach w grudniu 2020 roku. Jak się wydaje stał się on obecnie dominującym, ale dlaczego tak się stało?

Ostatnie badania wykazały, że osoba zakażona tym wariantem produkuje znacznie więcej cząstek potomnych wirusa, które dalej łatwo się rozprzestrzeniają. Naukowcy wyliczyli, że jest to ilość ponad 1200 razy większa niż dla oryginalnego wariantu z Wuhan. Powoduje to, że wariant delta ma około 2 razy większą transmisyjność (zdolność zakażania) niż poprzednie wersje wirusa. Co więcej delta replikuje się znacznie szybciej i jego obecność jesteśmy w stanie wykryć już po 4 dniach od infekcji (w pozostałych przypadkach było to około 6 dni).
Te dwie nowe cechy, czyli szybsza replikacja i powstawanie większej ilości cząstek czynią wariant delta znacznie bardziej niebezpiecznym. Zakażona osoba zaraża więcej osób, w znacznie krótszym czasie. Trudniejsze staje się śledzenie sieci kontaktów i jednocześnie mniej skuteczną metodą będzie prewencyjne poddawanie kwarantannie osób potencjalnie zakażonych.

Na razie bardzo mało wiemy o tym wariancie i wiele pytań pozostaje bez odpowiedzi. Natomiast faktem jest potwierdzona w ostatnim tygodniu skuteczność szczepień, które w znacznym stopniu obniżają ryzyko ciężkiego przebiegu COVID-19 nawet przy zakażeniu wariantem delta. Nadal więc pozostaje nam tylko racjonalnie postępować i zachęcać do szczepień.

Więcej na ten temat można przeczytać w artykułach: How the Delta variant achieves its ultrafast spread (https://www.nature.com/articles/d41586-021-01986-w) i Viral infection and transmission in a large well-traced outbreak caused by the Delta SARS-CoV-2 variant (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.07.21260122v1)
Więcej o wariantach koronawirusa można przeczytać na stronie WHO https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

Czy szczepionka AstraZeneca jest bezpieczna?

Wiele krajów, w tym Unia Europejska rezygnuje z kupowania szczepionki Vaxzevria (AstraZeneca) głównie ze względu na problemy z jej dostawami. Niestety mimo, że jest ona nadal dostępna, wiele osób świadomie rezygnuje z jej przyjęcia z obawy przed skutkami ubocznymi.

W czerwcu tego roku Australijski Rząd wprowadził ograniczenie podawania brytyjskiego preparatu jedynie dla osób powyżej 60 roku życia. W oficjalnym komunikacie jako przyczynę podano zwiększone ryzyko wystąpienia zakrzepów i związanych z tym zgonów w grupie wiekowej 50-59, które medycznie określane jest jako zakrzepica przy małym mianie (stężeniu) płytek krwi. Podobne informacje trafiły na ulotki tego preparatu we wszystkich krajach Unii Europejskiej. Czy więc rzeczywiście jest się czego bać?

W tym przypadku nasze postrzeganie ryzyka jest zaburzone i wynika z tzw. błędu poznawczego, jak zauważył w swoim artykule profesor Hassan Vally z Uniwersytetu La Trobe w Melbourne. Staramy się nadać znaczenie zjawisku, które zdarza się bardzo rzadko i które jest ciężkie do zwizualizowania przez nasz mózg.

W Australii ryzyko zgonu w wyniku zakrzepicy po przyjęciu szczepionki wynosi mniej niż 4%. Dane te oparte są o 2 zgony po podaniu 3.8 miliona dawek, czyli ryzyko to wynosi 0,5 na milion zaszczepionych (1/2 000 000). Ciężko nam wyobrazić sobie tak mały stosunek, dlatego próbę jego wizualizacji można znaleźć na rysunku. Łatwiej zrozumieć go porównując te liczby z innym ryzykiem śmierci. Bazując na danych australijskiego odpowiednika naszego Głównego Urzędu Statystycznego dokładnie widać, że ryzyko zgonu po przyjęciu szczepionki AstraZeneca jest mniejsze niż ryzyko śmierci w wyniku uprawiania sportu np. przebiegnięcia maratonu, w przypadku którego na milion uczestników średnio umiera 7 osób. Podobnie ma się sytuacja gdy spojrzymy na ryzyko śmierci z powodu wypadku samochodowego, gdzie średnio na milion umiera 28 osób. Co ciekawe ryzyko zgonu po szczepieniu jest podobne do śmierci w wyniku porażenia piorunem (0,4 przypadków na milion osób).

Tak, więc wszystko zależy od naszej perspektywy. Szczepionki są bezpieczne, a jednocześnie są jedynym, znanym nam sposobem na poradzenie sobie z pandemią. Niezależnie od tego jaki preparat przyjmiemy uzyskujemy ochronę przed ciężkim przebiegiem COVID-19.

Więcej ciekawych przykładów można znaleźć w artykule źródłowym: Concerned about the latest AstraZeneca news? These 3 graphics help you make sense of the risk (https://theconversation.com/concerned-about-the-latest-astrazeneca-news-these-3-graphics-help-you-make-sense-of-the-risk-162175)

W ostatni piątek (19.02.21) Minister Edukacji i Nauki przyznał nagrodę zespołową za znaczące osiągnięcia w zakresie działalności dydaktycznej pracownikom Pracowni Wirusologii Molekularnej.
Więcej informacji o nagrodzonych pracownikach UAM znajdą Państwo na profilu Życie Uniwersyteckie https://www.facebook.com/ZycieUniwersyteckieMiesiecznik/photos/a.480177138715659/3843184549081551/.
Na profilu Ministerstwa Edukacji i Nauki (Nauka i Edukacja) można również obejrzeć oficjalną galę przyznania nagród https://fb.watch/3PumqejZMy/.

Z okazji Dnia Nauki Polskiej, Minister Edukacji i Nauki przyznał 74 nagrody, w tym 57 indywidualnych i 17 zespołowych, za znaczące osiągnięcia w zakresie działalności naukowej, dydaktycznej, wdrożeniowej lub organizacyjnej oraz całokształt dorobku. Wśród laureatów znaleźli się naukowcy z naszej uczelni:

prof. dr hab. Andrzej Katrusiak – Wydział Chemii UAM
mgr Szymon Sobczak – Wydział Chemii UAM
prof. dr hab. Marek Szafrański – Wydział Fizyki Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
dr Jakub Barylski – Wydział Biologii UAM
prof. UAM dr hab. Julia Durzyńska, – Wydział Biologii UAM
dr hab. Julia Durzyńska – Wydział Biologii UAM
prof. dr hab. Anna Goździcka-Józefiak – Wydział Biologii UAM
prof. Robert Nawrot, – Wydział Biologii UAM
prof. Elżbieta Poręba, – Wydział Biologii UAM
dr Alicja Warowicka – Wydział Biologii UAM
prof. dr hab. Jerzy Koch - Wydział Anglistyki UAM

fot. Krzysztof Duda

W ostatnim wpisie z Naszego cyklu o szczepionkach przeciwko COVID19 chcemy zaprezentować szczepionki, nad którymi prace są już na bardzo zaawansowanym etapie. W ich przypadku dokumenty o dopuszczenie do użytku wpłynęły do Europejskiej Agencji Leków (EMA) i najprawdopodobniej w ciągu najbliższych tygodni ich stosowanie na terenie Unii Europejskiej będzie także możliwe.