Historia Gimnazjum w Malanowie rozpoczęła się w 1999 roku i jest ściśle związana z wprowadzoną wtedy reformą systemu oświaty. Zgodnie z ideą reformy Rada Gminy w Malanowie podjęła decyzję o utworzeniu jednego Gimnazjum usytuowanego w centrum gminy i obejmującego swym obwodem cały jej teren. Podjęto zatem decyzję o połączeniu Gimnazjum w Malanowie i Szkoły Podstawowej w Malanowie w Zespół Szkół w Malanowie. Na potrzeby Gimnazjum przeznaczono część budynku szkolnego usytuowanego w Malanowie przy ulicy Szkolnej 14. Dyrektorem Zespołu Szkół w Malanowie, a zarazem pierwszym Dyrektorem Gimnazjum została Pani mgr Kazimiera Filipowicz a jej zastępcą Pani mgr Janina Kurpik. 1 września 1999 r. rozpoczął naukę pierwszy rocznik młodzieży gimnazjalnej.Powołanie Zespołu Szkół w Malanowie było etapem przejściowym, przygotowującym do powstania odrębnego gimnazjum. Pierwotnie Zespół Szkół miał funkcjonować dwa lata: to jest do 31 sierpnia 2001 r., jednak jego działanie przedłużono do czasu wybudowania nowego budynku szkoły. Ze względu na trudne warunki lokalowe i konieczność pracy na dwie zmiany (pierwsza lekcja rozpoczynała się o godz. 8.00, ostatnia kończyła o 18.20) 24 sierpnia 1999 r. podczas posiedzenia Rady Gminy w Malanowie zapadła decyzja o budowie nowego, odrębnego budynku dla Gimnazjum w Malanowie. Od tej pory gimnazjaliści, ich rodzice i nauczyciele zaczęli z niecierpliwością oczekiwać powstania nowej szkoły. Na lokalizację gimnazjum wybrano parcelę położoną przy ulicy Parkowej, w sąsiedztwie firmy SUN – GARDEN i starego parku dworskiego. 4 lipca 2000 roku przeprowadzono przetarg na wykonanie dokumentacji projektowej, przetarg wygrała firma ROLWOD z siedzibą w Koninie. 27 lutego 2001 roku ukończono realizację tejże dokumentacji i udzielono pozwolenia na budowę nowego budynku gimnazjum.12 sierpnia 2001 roku Biskup Włocławski Roman Andrzejewski poświęcił plac przeznaczony pod budowę nowego Gimnazjum. W uroczystości wzięli udział przedstawiciele władz samorządowych Gminy Malanów oraz nauczyciele, uczniowie i rodzice uczniów Zespołu Szkół w Malanowie. 20 sierpnia 2001 roku w drodze przetargu wybrano wykonawcę inwestycji. Przetarg wygrała firma Pana Hieronima Moczydłowskiego BUD-BET, która 24 września 2001 roku rozpoczęła prace przy budowie nowego gimnazjum oraz dołożyła wszelkich starań, by profesjonalnie i terminowo wykonać wszystkie prace.Pierwsza uroczystość, która odbyła się w powstającym gmachu gimnazjum, to wmurowanie aktu erekcyjnego. Wydarzenie to miało miejsce 8 kwietnia 2002 roku. Na placu budowy zgromadziła się cała społeczność szkolna Gimnazjum w Malanowie oraz zaproszeni goście. Najpierw Arcybiskup Włocławski ks. Bronisław Dembowski poświęcił mury powstającej szkoły, następnie odczytano treść aktu i uczestnicy uroczystości złożyli na dokumencie swoje podpisy. Dokument został wmurowany w jedną ze ścian szkoły. Uczniowie i nauczyciele, biorący udział w uroczystości, z nadzieją patrzyli na wznoszące się ponad nimi mury gimnazjum i oczyma wyobraźni próbowali zobaczyć, jaka to też będzie ich nowa szkoła. 5 sierpnia 2003 roku, po zakończeniu prac budowlanych i wykończeniowych, dokonano odbioru technicznego budynku nowej szkoły.Rok szkolny 2003/2004 przywitał gimnazjalistów już w gmachu nowego Gimnazjum w Malanowie. Na placu, przed pachnącym jeszcze nowością budynkiem szkoły, zebrali się uczniowie, nauczyciele i zaproszeni goście. Zgromadzonych przywitali gospodarze obiektu - Dyrektor Gimnazjum w Malanowie, Pan mgr Sławomir Prentczyński oraz Pani wicedyrektor mgr Krystyna Sobczak. Po części oficjalnej uroczystości przy ulicy Parkowej 29 rozległ się po raz pierwszy dźwięk dzwonka, który oznajmił wszystkim, że oto rozpoczęła pracę nowa, gminna szkoła - Gimnazjum w Malanowie.Uroczyste poświęcenie i oddanie budynku odbyło się 29 września 2003 r., a wśród oficjalnych gości byli parlamentarzyści, władze oświatowe, przedstawiciele administracji wojewódzkiej, władz powiatowych i samorządowych. Zaproszono również przedstawicieli szkół z terenu gminy, wójtów sąsiednich gmin, przedstawicieli związków zawodowych. Symbolem wzrastania nowej tradycji Gimnazjum w Malanowie będzie ALEJA DĘBOWA - w której każdy rocznik gimnazjalistów i każdy dyrektor zasadzi własny dąb - symbol trwałości mocy, zakorzenienia.
