Mediante una resolución del Consejo Superior de la universidad, dictada el 12 de junio de 1932, se creó la Facultad de Ciencias Políticas y Económicas, antecedente de la hoy Facultad de Administración y Contabilidad. Posteriormente, mediante una resolución del 23 de setiembre de 1932, el Ministerio de Instrucción Pública autorizó oficialmente el funcionamiento de la Facultad. La designación de primer decano recayó en Víctor Andrés Belaúnde, destacado intelectual, abogado y político, que recientemente se había incorporado al claustro de la Universidad Católica. Finalmente, en noviembre de 2012 la Asamblea Universitaria acordó aprobar el cambio de denominación de la Facultad de Administración y Contabilidad por Facultad de Ciencias Contables, su denominación actual. El cambio de nombre permitirá fortalecer el posicionamiento logrado por la especialidad de Contabilidad, desarrollando una oferta completa e integral en el pregrado, postgrado y formación continua. A continuación se detalla la relación de decanos responsables de conducir la Facultad desde 1932:
Périodo Decano Cargo
1932 a 1935 Víctor Andrés Belaúnde Decano
1935 a 1939 José Félix Aramburú Salinas Decano
1939 a 1942 Javier Correa Elías Decano
1942 a 1948 Rómulo A. Ferrero Rebagliati Decano
1948 a 1950 Juan Lino Castillo Vargas Decano
1950 a 1957 Ernesto Alayza Grundy Decano
1957 a 1966 Numa León de Vivero Decano
1966 a 1968 José Luis Gonzales Suárez Decano
1969 a 1971 Aquiles Apéstegui Estrada Director
1971 a 1976 Francisco Babbini Andrade Director
1976 a 1977 Hugo Palacios Gomero Decano
1977 a 1980 Jorge del Busto Vargas Presidente de la Comisión de Gobierno
1980 a 1991 José Cabrera Winkelried Presidente de la Comisión de Gobierno
1991 a 1996 Luis Gómez Martens Presidente de la Comisión de Gobierno
1996 a 2005 Luis Gómez Martens Decano
2005 a 2011 José Carlos Dextre Flores Decano
2011 a 2017 Oscar Alfredo Díaz Becerra Decano
2017 a 2021 José Carlos Dextre Flores Decano
2022 a 2023 Aldo Quintana Meza Decano (e)
2024 al presente Emerson Toledo Decano (e)