Sekolah Kebangsaan Bantayan, Tamparuli lahir daripada nama Sekolah Sukarela Rakyat atau NVS Bantayan Tuaran seawal tahun 1963, hasil dari kegigihan komuniti yang mengimpikan sebuah gedung ilmu untuk diterokai oleh generasi kecil di kampong ini juga kesukaran jarak antara beberapa sekolah melahirkan kesepakatan padu individu prihatin KK En. Bangunan sekolah pertama telah didirikan di atas rtana
h En. Dauran Okot pada tahun 1963 secara kudrat gotong royong dan Cikgu Aziz Giom adalah guru pertama mengajar di sekolah ini dengan pelajar seramai 20 orang di samping Cikgu Ayong Antaim ditugaskan kemudian apabila bilangan pelajar semakin bertambah. Pendaftaran sekolah ini telah diusahakan oleh Tun Hamdan Abdullah, KK En. Utod dan Cikgu Aziz Giom pada tahun 1963Pertambahan pelajar pada tahun 1968 menyebabkan sekolah ini terpaksa dipindahkan ke Balai raya Kampung Bantayan dengan pecahan enam kelas.Sesi Persekolahan dijalankan dua sidang serta mendapat tambahan tiga orang guru iaitu En. Dangkaron
Pada tahun 1970, sebuah sekolah baru telah didirikan atas geran tanah sekolah seluas 4.80 ekar di kampung Bantayan dan dirasmikan oleh tokoh jati Kampung Bantayan Tun Hamdan Abdullah sekali menerima nama baru iaitu Sekolah rendah kebangsaan Bantayan Tuaran.Antara kampung yang turut mendapat manfaat ilmu dari sekolah ini ialah Kampung Damat, Kampung Tengkurangoh, Kampung Mangkaladoi dan Kampung Rambai. Pada Januari 2003 Pra sekolah SK Bantayan telah dibuka dan mempunyai sebuah kelas. Cikgu Asiah@ Lotium Lontou merupakan guru Pra sekolah Pertama serta Pembantu Pengurusan Murid Pn. Mahsuri Johari. Pada tahun 2008 Pra sekolah ini telah menerima bangunan tambahan sebagai perluasan
Sehingga kini Sekolah ini terus menerima bilangan pelajar yang ramai dan tambhan bangunan termasuk bangunan makmal komputer tahun 2002, bangunan pra sekolah tahun 2003 serta bangunan kabin dengan dua bilik darjah dalam tahun 2009
