Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Tun Datu Mustapha, Papar (SMKATDM) telah dimulakan operasinya pada 6 Januari 2003 dengan menggunakan tapak SMKA Limauan Kota Kinabalu. Tapak dan bangunan asalnya adalah Kampus Universiti Kebangsaan Malaysia Cawangan Sabah sejak tahun 1973 yang di bawah pengawasan Yayasan Sabah. Kemudian pihak Yayasan Sabah membuat penyerahan rasmi pada tahun 1997 kepada Jabatan Pe
ndidikan Sabah melalui Datuk Dr. Hasbullah Mohd. Maka rasmilah tapak dan bangunan asal ini di bawah kawalan dan penjagaan Jabatan Pendidikan Sabah. Pada Disember 2002 SMKA Limauan berpindah ke bangunan baru di Kimanis. SMKA Tun Datu Mustapha mengambil alih bangunan ini bermula pada 6 Januari 2003. Pada 7 Januari 2003 sekolah ini menerima pendaftaran pelajar seramai 120 orang dengan membuka 4 kelas tingkatan satu dan 1 kelas tingkatan dua. Pada 12 Januari 2003 Majlis Penyerahan Kunci dan Inventori SMKA Tun Datu Mustapha diadakan dengan rasminya dengan disaksikan oleh Pemangku Ketua Sektor SPPIM Ustaz Mohd. Sejak sekolah ini dibuka sehingga sekarang, SMKA TDM diterajui oleh Ustazah Fatmawati Mohd. Sahari sebagai Pemangku Pengetua yang juga Penolong Kanan 1, dibantu oleh Ustaz Ismail Haji Anam sebagai Penolong Kanan HEM dan Puan Raimah Samari sebagai Penyelia Kanan KOKUM bersama 17 orang guru dan 6 orang staf sokongan . Bermula 16 September 2003, Ustaz Haidon Hadi Sapiri memulakan tugas sebagai Pengetua Pertama SMKA Tun Datu Mustapha di bantu oleh Ustazah Fatmawati Mohd. Sahari sebagai Penolong Kanan 1 (Pentadbiran) , Ustaz Ismail Haji Anam sebagai penolong Kanan HEM dan Ustaz Melih Bin Bedin sebagai Penolong Kanan KOKUM bersama 36 orang guru dan 10 orang KTBM.
