Patrick, SMK Membakut, SMK Bongawan dan SMKA Limauan, Kimanis. Dalam kawasan Zon Binsulok, SMKMembakut II adalah sekolah menengah pertama yang didirikan. Pimping Membakut. Pads 5 Januari 2003, SMK Membakut II telah mendaftarkan pelajar-pelajar sulungnya dari kalangan pelajar TIngkatan Satu, Tingkatan Dua dan TIngkatan Tiga. Sekolah ini mula beroperasi secara rasmi pads tanggal 6 Januari 2003 denga
n bilangan guru seramai 19 orang, dan bilangan pelajar pertamanya seramai 306 orang. Pada waktu itu, SMK Membakut II hanya beroperasi dengan menumpang di dua blok bangunan SK. Saga-Saga Pimping sementara menunggu bangunannya yang sebenar siap dibina dan diluluskan oleh pihak Kementerian Pendidikan Malaysia dan Jabatan Pendidikan Sabah. Sebanyak 9 buah kelas teIah dibuka pada ketika itu untuk menempatkan semua pelajar berkenaan. Pada peringkat awal operasinya, urusan pentadbiran dan perjalanan aktiviti sekolah diketuai oleh En. Nordin Bin Hj. Ag. Besar selaku Pemangku Pengetua, Pn. Faridah Binti Raimin selaku Pemangku Penolong Kanan 1, En. Bakar Bin Ag. Putah selaku Pemangku Penolong Kanan Hal Ehwal Murid dan En. Azmi Abd. Ghani menjalankan tugas sebagai Penolong Kanan Ko-Kurikulum. Dalam tempoh Februari hingga bulan Jun 2003, SMK Membakut II telah menerima tambahan guru seramai 5 orang menjadikan bilangpn gurunya bertambah kepada seramai 24 orang yang telah diiktiraf sebagai guru-guru perintis SMK Membakut II. Kakitangan Bukan Mengajar (KTBM) yang pertama melaporkan diri di sekolah ini ialah pada 17 Mac 2003, iaitu Pn. Fatimah Hj. Buntak. Dalam konteks yang lain, demi memastikan kelangsungan disiplin pelajar terus terkawal. En. Shahzian Mumin telah dilantik sebagai Ketua Guru Disiplin pada ketika itu. Di pihak pelajar, adik Jummat Jaafar telah dipilih sebagai Ketua Pelajar SMK Membakut II dengan dibantu oleh Zaiezeyana Yantie Zainal sebagai Timbalan Ketua Pengawas 1 dan Herman Duling selaku Timbalan Ketua Pengawas II. Pn. Norliza Ismail p**a adalah guru yang menginisiatifkan penubuhan perpustakaan sekolah ini melalui Program Derma Buku yang dianjurkan. Walaupun baru berusia tidak sampat setahun jagung, namun keupayaan dan kemampuan SMK Membakut II untuk melangkah maju ke hadapan sudah mula tampak. Sekolah ini bukan sahaja mampu menjuarai beberapa siri pertandingan di peringkat daerah Membakut dan Gabungan Beaufort, tetapi berupaya sampai di pertandingan peringkat negeri dan kebangsaan. Inilah dinamiknya SMK Membakut II yang pernah dikenali sebagai SMK SagaSaga. Pada bulan Februari 2003, pasukan penaja PIBG SMK Membakut II telah ditubuhkan. Pertubuhan ini telah dipengerusikan oleh En.Arif Bin Hj. Ghani sebagai Yang DiPertua PIBG. Badan inilah yang banyak membantu sekolah untuk menjayakan pelbagai program yang dirancangkan. Selain itu, pada bulan April 2003, lencana sekolah yang berkonsepkan falsafah ‘Maju dan Membangun’ telah diilhamkan oleh En. Nordin Hj. Ag Besar dengan diberi motto ‘Membina Tamadun Bangsa’. Lencana sekolah yang juga merupakan jata SMK Membakut II telah direka oleh En. Ghani.