Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong mula dibina pada tahun 2002 di atas kawasan yang mempunyai keluasan kira-kira lima ekar. Sekolah ini terletak di daerah Marang, Terengganu dengan jarak kira-kira 12 kilometer dari pusat bandar Kuala Terengganu. Nama Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong dicadangkan oleh pihak Pejabat Daerah Marang sempena lokasi sekolah ini yang terletak di kawasan pekan B
ukit Payong. Pada mulanya cadangan awal nama sekolah ini ialah Sekolah Menengah Kebangsaan Payong Jaya. Namun setelah berbincang dengan banyak pihak akhirnya nama Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong akan diguna pakai. Kini berdiri megah bangunan Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong dengan enam blok bangunan dan masing-masing sebuah bangunan surau dan kantin. Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong mula dibuka pada 19 Mac 2006. Manakala sesi pendaftaran masuk pelajar bermula pada 18 Mac 2006. Sebelum sesi persekolahan bermula, pihak Pegawai Pelajaran Daerah telah mengadakan mesyuarat dengan pihak pengurusan sekolah dan guru pada 16 Mac 2006. Sebelum bermulanya sesi persekolahan, pihak pengurusan sekolah yang terdiri daripada Guru Penolong Kanan Pentadbiran, Guru Penolong Kanan HEM dan Guru Penolong Kanan Kokurikulum telah memulakan tugas mereka dua minggu lebih awal. Tujuannya untuk memastikan kelancaran proses pengajaran dan pembelajaran apabila bermulanya sesi persekolahan. Pada peringkat awal pembukaan,sekolah ini diterajui oleh Guru Penolong Kanan Pentadbiran memandangkan belum ada yang menjawat jawatan Pengetua. Bermula 1 Jun 2006 barulah Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong dinaungi oleh Puan Hajah Sepiah bt Jaafar. Beliau merupakan Pengetua pertama dilantik untuk menerajui sekolah ini. Bilangan guru yang berdaftar di sekolah ini pada 16 Mac 2006 ialah kira-kira 32 orang. Daripada jumlah ini sekolah masih mengalami kekurangan guru untuk menampung keperluan kelas. Menjelang bulan Ogos 2006 jumlah guru telah bertambah menjadi 39 orang. Jumlah ini telah dapat menampung keperluan kelas yang ada. Bilangan keseluruhan pelajar yang berdaftar pada 18 Mac adalah seramai 624 orang. Daripada jumlah ini, pelajar tingkatan satu seramai 272 orang. Jumlah pelajar tingkatan 2 p**a seramai 244 orang, manakala pelajar tingkatan empat berjumlah 108 orang. Kesemua pelajar ini diambil daripada pelajar Sekolah Menengah Kebangsaan Tun Telanai dan Sekolah Menengah Kebangsaan Bukit Sawa yang tinggal di kawasan sekitar Kampung Bukit Payong. Pelajar dari kelas peperiksaan iaitu tingkatan tiga dan lima tidak ditawarkan ke Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong. Bermula bulan Mei 2006, Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong mula memberi peluang kepada pelajar-pelajar dari sekolah yang lain untuk menjalani sesi pembelajaran di sini. Bermula dari itu telah berlaku kemasukan pelajar dari sekolah-sekolah seperti SMK Sultan Mansor, SMA Mahmudiah, SMA Khairiah dan sebagainya
Bilangan kakitangan sokongan p**a, pada peringkat awal hanyalah seorang kerani sahaja, namun beliau bertukar p**a ke sekolah lain. Sehingga bulan Ogos jumlah kakitangan sokongan ialah seramai sembilan orang. Daripada jumlah itu, masing-masing seorang kerani dan seorang jurutaip. Pembantu Am Rendah seramai empat orang. Dari aspek kurikulum, Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong memulakan sesi pengajaran dan pembelajaran tepat pukul 7.40 pagi. Sebelum bermulanya sesi pengajaran dan pembelajaran perhimpunan pagi diadakan selama lebih kurang 10 minit setiap hari sebagai saluran untuk mendidik pelajar supaya mendengar arahan mematuhi peraturan sekolah selain daripada menyampaikan maklumat dan nasihat. Perhimpunan mingguan p**a diadakan pada setiap hari Ahad. Pada peringkat awal dibuka, Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong hanya menampung pelajar dari tingkatan satu, dua dan empat sahaja. Hanya terdapat empat kelas sahaja dalam tingkatan empat yang kesemuanya terdiri daripada aliran Kesusasteraan. Bagi tingkatan satu dan dua, jumlah kelas masing-masing ialah lapan kelas yang terdiri daripada aliran A dan B. Pada tahun 2007 kump**an pertama pelajar sekolah ini telah mengambil peperiksaan Penilaian Menengah Rendah dan Sijil Pelajaran Malaysia. Dari sudut infrastruktur, pada peringkat awal operasinya Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong tidak dibekalkan dengan kemudahan dan peralatan yang lengkap. Hanya terdapat kemudahan-kemudahan asas sahaja seperti kerusi dan meja guru serta pelajar. Namun banyak kemudahan bilik-bilik yang disediakan antaranya ialah Bilik Pengetua, , Bilik-bilik Guru Penolong Kanan, Pejabat Sekolah, Bilik Guru-guru Kanan Mata Pelajaran, Bilik Guru, Bilik Peperiksaan ,Bilik Pantri, Bilik Kerja, Bilik Kaunseling, Bilik Mesyuarat, Bilik Rawatan, Stor Pusat, Bilik Operasi SPBT, Tandas, Bilik Persalinan PJK, Koperasi, Perpustakaan, Bilik Tayangan, Surau, Makmal Sains, Bilik Handicraft dan Art Work, Bilik Lukisan Kejuruteraan, Bilik Seni Visual, Makmal Komputer, Bilik Muzik dan Kantin.
