Sekolah ini hanya mengambil pelajar-pelajar lelaki sahaja. Sistem persekolahan pada masa itu ialah Sistem Sekolah Lanjutan. Pengetuanya yang pertama ialah Encik A.G. Sekolah Lanjutan di St. Francis Institution ini tidak lama kerana terpaksa berpindah dan menumpang p**a di Sekolah Tun Tijah pada tahun 1964. Pada tahun 1965, sekali lagi sekolah ini terpaksa berpindah dan menumpang di Sekolah Menenga
h Gajah Berang pada sesi petang. Pada tahun tersebut juga, Sekolah Lanjutan ini dinamakan Sekolah Menengah Rendah Dua (Lower Secondary School 2). Setelah empat tahun menumpang di Sekolah Menengah Gajah Berang, maka pada penggal kedua 1969, barulah sekolah ini mempunyai bangunannya sendiri yang terletak di Kampung Lapan, Bachang, Melaka. Bersempena dengan lokasi bangunannya, maka sekolah ini dinamakan Sekolah Menengah Bachang. Pada peringkat awal penubuhannya, Sekolah Menengah Bachang mempunyai sebuah bangunan sahaja yang dilengkapi dengan tujuh belas buah bilik darjah, sebuah kantin dan dua buah makmal Sains Paduan. Blok utamanya ialah Blok A. Pada tahun 1973, kelas Tingkatan Empat Sastera dimulakan dan pada tahun berikutnya sekolah ini menjadi sekolah menengah penuh. Memandangkan sekolah ini menghadapi masalah kekurangan kelas sedangkan jumlah pelajar kian bertambah, maka pada tahun 1973 sekolah ini mendapat tiga buah bangunan tambahan iaitu Blok B yang menempatkan enam buah bilik darjah, sebuah makmal yang mempunyai dua buah makmal sains tulen serta sebuah perpustakaan dan sebuah bangunan lagi menempatkan empat buah bengkel Seni Perusahaan. Pada tahun 1973 juga, sekolah ini mendapat pengetua baru iaitu Encik K. Narinasamy. Setelah empat tahun bertapak di bangunan sendiri dengan perkembangan fizikal sekolah yang semakin pesat serta jumlah pelajar dan tenaga guru semakin bertambah, maka pada 3 November 1973, sekolah ini mencatat sejarah apabila telah dirasmikan pembukaannya oleh YAB Ketua Menteri Melaka, Dato’ Setia Abdul Ghani Ali. Perasmian bangunan ini juga membawa kepada terukirnya suatu nama baru bagi sekolah ini iaitu Sekolah Menengah Tun Tuah, bersempena nama seorang pahlawan Melayu Melaka yang terulung iaitu Hang Tuah. Dengan ini bermulalah sekolah ini dikenali dengan nama Sekolah Menengah Tun Tuah. Pada tahun 1974, sekolah ini membuka aliran sains tulen untuk Tingkatan Empat, dan pada tahun tersebut juga aliran kebangsaan Tingkatan Satu dimulakan. Pada tahun 1976, sekolah ini mula menerima kemasukan pelajar perempuan dan dua tahun kemudian iaitu pada tahun 1978 Blok Sains Rumah Tangga siap dibina. Dari Dis 1980 sehingga Julai 1987, Tuan Haji Ramli Mohamed telah bertugas sebagai Pengetua SMK Tun Tuah. Di bawah kepimpinan beliau, banyak kejayaan dari segi akademik dan koakademik telah dicapai oleh sekolah. Selepas itu, Tuan Haji Ismail Bachick telah meneruskan kecemerlangan itu dari Ogos 1987 hingga Jan 1988 dan diikuti oleh Tuan Haji Rahmat Jantan dari Feb 1988 hingga Jun 1989. Dari Julai 1989 hingga Okt 1992, Tuan Haji Hussin Abu Bakar telah dilantik sebagai Pengetua sekolah. Pada masa itu Sekolah ini telah mendapat sebuah lagi bangunan tambahan pada tahun 1991, iaitu Blok C, dengan tambahan sebelas buah bilik darjah bagi menampung pelajar-pelajar yang kian bertambah. Dari Nov 1992 hingga Jan 1995, En Yew Gin Gee telah bertugas sebagai Pengetua sekolah ini. Pada tahun 1994, sebuah blok lagi, iaitu Blok D ditambah untuk menampung tiga buah bengkel Kemahiran Hidup Bersepadu dan enam buah bilik darjah. Dari Apr 1995 hinga Nov 1995, Tuan Haji Mahmor Osman telah dilantik sebagai Pengetua sekolah ini. En Mohd Yamin Baba p**a bertugas sebagai Pengetua sekolah ini dari Nov 1995 hingga Jan 1998. Perkembangan fizikalnya semakin pesat apabila pada bulan Julai 1998, bilik guru dipertingkatkan keceriaannya. Perasmian Kolam Ikan Tun Tuah dan Studio John Ang telah dilakukan pada 3 April 1999 bersempena hari persaraan pengetua yang kesepuluh iaitu Haji Ahmed Haji Suleiman (Bertugas sebagai Pengetua dari Jan 1998 hingga Mac 1999). Di bawah Pengetua yang baru, En. Ali Bin Saed (Apr 1999 hingga Feb 2000), tempat letak kereta berbumbung, Dataran Tuah, Tangga Melaka Tun Tuah dan pondok bacaan mula diguna pakai. Selepas itu En. Karim Bin Hasim telah bertugas sebagai Pengetua dari Feb 2000 hinga Mei 2003. Pada bulan November tahun 2001 perasmian pecah tanah untuk pembinaan sebuah surau baru yang boleh menampung lebih kurang 800 orang untuk beribadat telah dilaksanakan. Surau tersebut dijangka siap pada hujung bulan Mei 2002. Walau bagaimanapun disebabkan masalah kontraktor, pembinaan tertunda dan akhirnya siap pada 2003. Bangunan surau lama dijadikan ‘Bangunan Sukan’ memandangkan kedudukannya yang strategik, berhampiran dengan padang. Pada masa yang sama SMK Tun Tuah juga menerima peruntukan daripada Kementerian Pendidikan Malaysia untuk membaiki dan menggantikan pagar sekolah dan mengecat semula bangunan sekolah. Bermula pada Januari 2002, SMK Tun Tuah mendapat sebuah bangunan ‘Makmal Komputer’ dua tingkat lengkap dengan peralatan 43 buah komputer. Bangunan ini siap diguna pakai pada penghujung Mac 2002. Bekalan komputer sejumlah di atas sempurna diserahkan kepada SMK Tun Tuah ketika cuti akhir tahun penggal dua. SMK Tun Tuah juga mendapat satu blok bangunan empat tingkat yang lengkap dengan makmal sains, bilik darjah dan bilik-bilik khas yang telah dimulakan binaannya pada Mei 2002 dan dijangka siap pada penghujung Disember 2002. Walau bagaimanapun bangunan tersebut akhirnya boleh digunakan pada pertengahan tahun 2003 disebabkan beberapa masalah teknikal dan fizikal. Pada bulan Julai tahun 2002 SMK Tun Tuah telah dinaikkan tarafnya menjadi sekolah Gred A. En. Yusof Bin Ahmad telah bertugas sebagai pengetua pada 1 Jun 2003 yang juga merupakan Pengetua SMK Tun Tuah yang ke-13. Pada 13 Oktober 2005, En. Yusof Bin Ahmad telah bertukar ke SMK Durian Daun dan digantikan oleh En. Leong Huay Kow sebagai Pengetua SMK Tun Tuah yang ke-14. Bermula pada Mei 2005, SMK Tun Tuah telah mewujudkan kelas Tingkatan 6 Bawah sebanyak dua kelas bagi aliran Sains Sosial. Pada 1 Mac 2006, En Tan Eng Hwee telah ditempatkan sebagai Pengetua SMK Tun Tuah. Kelas Rancangan Khas bagi Tingkatan 1 dimulakan pada awal tahun 2006. Lima kelas Tingkatan 6 Bawah Sains Sosial telah dibuka pada Mei 2006. Dengan adanya kelas Tingkatan 6 dan Rancangan Khas ini telah memberikan perubahan yang positif kerana pelajar yang ditempatkan untuk kelas-kelas tersebut ialah pelajar-pelajar yang terpilih. Diharapkan dengan perubahan ini akan dapat membantu menaikkan imej sekolah. Sesungguhnya perkembangan infrastruktur yang pesat dan komitmen semua guru dan staf SMK Tun Tuah untuk membangunkan pencapaian akademik dan koakademik adalah sejajar dengan visi “SMK Tun Tuah Menjadi Sekolah Pilihan Masyarakat Setempat Menjelang 2015”. Dengan harapan SMK Tun Tuah akan menjadi sebuah sekolah yang setanding dengan mana-mana sekolah lain di Melaka.
