Sekolah ini telah ditubuhkan pada tahun 1937. Pada waktu itu, negeri Sabah masih lagi dibawah jajahan British Colony. Sebuah bangunan beratap nipah telah menjadi nadi kepada penubuhan sekolah ini. Nama asal sekolah ini adalah Goverment Vanacular School yang mempunyai seramai 37 orang murid pada waktu tersebut. Sekolah ini telah diterajui oleh guru besar yang bernama Pangeran Abdullah daripada tahun 1937 sehinggalah 1938. pada tahun 1939, encik Mildad Zainal telah mengambil alih tempat beliau sehinggalah pada tahun 1958. Pentabiran sekoilah terganggu dengan tercetusnya Perang Dunia ke-2 iaitu pada tahun 1941 hingga 1946. Sekolah ini berfungsi seperti biasa selepas peperangan tersebut. Daripada Goverment Vanacular School, sekolah ini telah menukar namanya kepada Goverment Primary School pada tahun 1949. Sekolah ini kemudian berpindah daripada tapak asalnya ke tapak baru yang terletak lebih kurang 500 meter daripada bandar Lahad Datu kerana untuk memenuhi keperluan dan menampung lebih ramai murid. Tapak baru ini namun begitu agak sempit dan tidak sesuai bagi pembangunan jangka panjang. Sekolah ini menyediakan kemudahan yang agak selesa dengan pembangunan sebua blok bangunan binaan papan dengan 4 bilik darjah dan 2 unit blok rumah guru. Tahun 1973, sekolah ini bertukar kepada nama baharu iaitu Sekolah Kebangsaan Pekan, Lahad Datu dan berkekalan sehinggalah ke hari ini. Pada Tahun 1983 sekolah ini dibahagi kepada 2 bahagian pentadbiran kerana menampungi murid seramai 3027 murid. Daripada pembahagian itu maka wujudnya sekolah baharu iaitu Sekolah Kebangsaan Lahad Datu III. Sekolah tersebut sama-sama menumpang dan menggunakan kemudahan di sekolah ini. Sekolah Kebangsaan Unico Desa dan Sekolah Kebangsaan Payang juga telah menumpang blok bangunan pada tahun 2000 sebelum berpindah ke tapak masing-masing setelah mendapat bangunan baru pada tahun 2001. Beberapa blok bangunan telah dibina dengan 25 buah bilik darjah, 3 blok bangunan binaan konkrit dengan 20 bilik darjah, sebuah makmal komputer, kantin dan sebuah surah. Bangunan ini juga didirikan disamping bangunan rumah guru untuk kemudahan guru-guru yang mengajar di sekolah ini. Selama penubuhan sekolah ini, seramai 16 orang guru besar telah menerajui sekolah ini dengan jayanya. Pangeran Abdullah (1937 - 1938), En Mildad Zainan (1939 - 1958), En Salim Jumah (1958 - 1959), En Abu Bakar Untung (1960 - 1962), En. Mildad Zainan (1963 - 1967), En. Sharif Kassim Shariff Jaafar (1975 - 1978), En Mohd. Ali Awang Besar (1978 - 1981), En Sadi Tahir (1982), En Mansur Palullah (1983 - 1984), En Abdul Mutalip Hj. Rashid (1985 - 1987), En Mohd. Yusuf Hj.Ahmad Kepala (1988 - 1991), Datu Hj. Ibrahim Datu Hj. Bangsawan, En Mohd. Nor Talanjol(1988-2002), En gimson Abdan ( 2003 - 2008), En Mohd Salleh bin Yungkok (2009 - 2013) dan Pn Hajah Sakka Labacho (2013 - Sekarang)
