La investigación histórica en El Colegio Mexiquense se ha constituido como una fortaleza de la institución desde su fundación en 1986. Esto se aprecia en un claustro académico consolidado, una vasta producción editorial y en una constante difusión del trabajo realizado. En este contexto, en 2009 se creó el programa de Maestría en Historia, encaminado a la formación de profesionales que se puedan desempeñar con alta calidad en labores de investigación y docencia especializada o emprender con éxito estudios de doctorado. Por su perfil de excelencia, la maestría forma parte del Programa Nacional de Posgrado de Calidad CONACYT, por lo cual todos los estudiantes aceptados cuentan con una beca para dedicarse a sus estudios de tiempo completo. La maestría tiene una duración de cuatro semestres, en los cuales se cubren cursos de metodología de análisis histórico, cursos monográficos optativos, seminarios especializados y seminarios de tesis, estos últimos en forma continua bajo la tutoría personalizada de un profesor investigador dedicado a alguna de las áreas de especialización del programa: a) Historia e historiografía indígena del Centro de México, b) Historia de la educación y la cultura, c) Historia de los procesos económicos y sociopolíticos de la modernidad. La mayor parte de sus integrantes pertenece al Sistema Nacional de Investigadores y cuenta con el Perfil Deseable PRODEP. La maestría vincula de manera directa al estudiante con las líneas de investigación del claustro y cuenta con una infraestructura que respalda las actividades escolares, como biblioteca, hemeroteca, salas de cómputo y bases de datos. Además, El Colegio realiza actividades académicas constantes que apoyan la formación de sus alumnos. RVOE: Con Reconocimiento de Validez Oficial de Estudios Acuerdo SEP núm. 20090960 de fecha 19 de octubre de 2009 vigencia Enero 2012 clave plan de estudios 2012
