La fundación a la cual pertenece el Colegio Independencia tuvo sus inicios en Zapotlán el Grande, hoy conocida como Ciudad Guzmán, formada por el Pbro. Su llegada a San Juan de los Lagos se debió a que no existían instituciones educativas y eran los Capellanes del Santuario quienes se encargaban de la educación impartida por la Iglesia, fue así como al Capellán Mayor del Santuario, el Pbro. Gonzalo Ornelas le surgió la idea de crear una escuela para las niñas de la población. En diciembre de 1907, el fundador de la Congregación y el Capellán Mayor firmaban un convenio para que se pudiera abrir una institución en San Juan de los Lagos. El 29 de febrero de 1908, hacían su llegada a San Juan de los Lagos las hermanas Clara de la Concepción, Catalina del Niño Jesús, Inés de la Paz y Sor Matilde, quienes el día 31 de marzo del mismo año inauguraban el Colegio, llevando como nombre “Colegio de Niñas de Nuestra Señora de San Juan”. Los periodos escolares se realizaban de diciembre a septiembre, los cursos que se impartían eran de cuatro años de elemental y dos de elemental superior. Ya habían pasado seis años de vida del colegio desde su fundación, y a pesar de que el país estaba en pie de guerra, a causa de la Revolución, las religiosas pudieron realizar su trabajo en San Juan sin muchas dificultades. No obstante, en el mes de enero de 1915, los problemas entre los gobiernos constitucionalistas y la Iglesia se recrudecieron y hubo necesidad de cerrar el Colegio en 1922. En cuanto a las clases, se le daba un lugar especial a la materia de Religión, Lengua Nacional y Aritmética. De las otras materias, como Historia Patria, Geografía, Geometría, etc., se daba solamente una clase por semana. Las actividades manuales también eran parte fundamental de la escuela y éstas se realizaban por la tarde. Fue hasta 1943, cuando la escuela fue reconocida por la Secretaría de Educación Pública con el nombre de Colegio Independencia. Después de tanto peregrinar, finalmente en septiembre de 1947 estrenó el domicilio que actualmente utiliza. Es importante mencionar que hasta este momento el nivel educativo que se impartía en el colegio era sólo primaria, como no existía una secundaria para quienes egresaran de la primaria, en el año de 1959, las Siervas de Jesús Sacramentado decidieron abrir una secundaria para señoritas, y el 10 de septiembre se iniciaron las clases; con la finalidad de completar al personal docente se contrataron maestras capacitadas que vinieron de las ciudades vecinas de Jalostotitlán y Lagos de Moreno; el 18 del mismo mes, la Secretaría de Educación Pública otorgaba la clave a la nueva secundaria, posteriormente, en el mes de octubre, esta sección fue visitada por el inspector de secundaria, en su permanencia de tres días tuvo la oportunidad de revisar y valorar el esfuerzo del personal, por ello al regresar a su oficina tuvo a bien expedir la documentación que acreditó a la escuela como incorporada a la Secretaría de Educación Pública. A partir de este momento se dio un aumento considerable del alumnado por lo que se vieron en la necesidad de ampliar el edificio; cabe mencionar que poco a poco fue aumentado el número de seglares que impartían clases en la secundaria, incluso algunas exalumnas se incorporaron como profesoras. Desafortunadamente no se tienen datos sobre el número alumnas y docentes que laboraban en ese tiempo en la institución, en los últimos 25 años la cantidad de alumnas está entre 300 y 220 esto sólo en secundaria. Desde un inicio, las escuelas que eran atendidas por las religiosas pertenecientes a la congregación de las Siervas de Jesús Sacramentado (SJS) contaban con un objetivo muy claro de lo que pretendían dar a la sociedad de San Juan de los Lagos, sus principios rectores eran cuatro:
1. Educación en la Fe.
2. Formación Integral (Educando la inteligencia, la sensibilidad, la voluntad y de emotividad).
3. Para todos (Amar a niños, a los jóvenes, especialmente en los pobres).
4. Actualizada (La escuela y la educación, siempre han de estar a la altura de los tiempos). Los cuatro puntos anteriores fueron citados de acuerdo a un documento interno del Colegio Independencia, Ideario Educativo.
