BioInformatics - Myanmar

22/01/2022

21/10/2021

How do you build a cell? Scientists from Delft University of Technology have proposed a potential strategy, utilizing a system-level evolutionary approach, in Frontiers in Bioengineering and Biotechnology.

Find out more about the bottom-up construction of an artificial living cell here ⬇
https://fro.ntiers.in/hgdJ

23/08/2021

Summer School on Machine Learning in Bioinformatics record file Part2

23/08/2021

Summer School on Machine Learning in Bioinformatics record file Part1

13/08/2021

Overview of Sequencing Data Analysis and Adapter Trimming Design

sequencing ျပဳလုပ္သည့္အခါ sequence data ေတြကို fragment အပိုင္းေလးေတြျပဳလုပ္ၿပီး adapter ကပ္ၿပီးမွာ sequencing စက္ကေန sequence data ဖတ္တယ္။အဲလိုဖတ္တဲ့အခါ sequence data ေရာ adapter ေရာကို Fastq file အေနနဲ႔ စက္ကေနထုတ္ေပးပါတယ္။ ရရွိလာတဲ့ Fastq file ထဲက Fragment ေတြပါဝင္တဲ့ adapter ေတြကိုဖယ္မွသာလိုခ်င္တဲ့ sequence data ကိုရရွိၿပီး Analysis ျပဳလုပ္နိုင္မွာပါ။ အဲဒီလို adapter ေတြကို ဖယ္ထုတ္ျခင္းကို trimming ျပဳလုပ္တယ္လိုေျပာၾကပါသည္။ trimming ျပဳလုပ္တဲ့အခါ sequencing ျပဳလုပ္တဲ့အေပၚမူတည္ၿပီး adapter ေတြကို remove ျပဳလုပ္ရပါမယ္။ sequence ျပဳလုပ္သည့္အခါ single-end sequencing နဲ႔ paired-end sequencing ဆိုၿပီး ျပဳလုပ္ၾကပါသည္။ single-end sequencing ဆိုရင္ ေတာ့ forward fastq file က တစ္ခုပဲထြက္လာၿပီး paired-end sequencing ဆိုရင္ေတာ့ forward and reverse file ႏွစ္ခုထြက္လာပါသည္ (ဉပမာ 4_S1_L001_R1_001.fastq, 4_S1_L001_R2_001.fastq ) ။ Covid DNA sequencing ကို paired-end sequencing ျဖင့္ျပဳလုပ္သည့္အခါ ထြက္လာသည့္ file size က ႏွစ္ခုေပါင္း 300 mb ေလာက္ရွိပါသည္။ sequence base pair(TTTTGTTACTTAT) ေပါင္း million နဲ႔ ရွိပါတယ္။ million ေလာက္ရွိသည့္ sequence data ေတြထဲက ေရာေနတဲ့ adapter ေတြကို ဖယ္ထုတ္ဖို့ဆို ရင္ fragment sequence data ေတြနဲ႔ adapter ေတြ တည္ေဆာက္ပုံကို နားလည္းဖို့လိုပါတယ္။ ေအာက္ပါတြင္ ပုံမ်ားျဖင့္ေဖာ္ျပေပးထားပါတယ္။

10/08/2021

AI (Convolutional Neural Network ) ကိုအသုံးပြုပြီး DNA sequence ကို prediction ပြုလုပ်ဖို့ဆိုရင် Convolutional Neural Network ကို အသေးစိတ်နားလည်းဖို့လိုအပ်ပါသည်။

Convolutional Neural Network (CNN) Theory အပြည့်အစုံ pdf file ကို အောက် ဖော်ပြပါလင့်တွင် download ပြုလုပ်နိုင်ပါသည်။

https://u.pcloud.link/publink/show?code=XZCQnwXZ1BauuGKJtljc0acPooqwG537jOFX

01/08/2021

DNA sequence with CNN Convolutional Neural Network