Sakralinės muzikos mokykloje vykdomos ugdymo programos:
Formalųjį švietimą papildantis ugdymas:
Pradinio muzikinio ugdymo programa – formalizuota ketverių metų (1-4 klasės), nuo 2013m.- trijų metų (1-3 klasės) muzikinio ugdymo programa. Pagrindinio muzikinio ugdymo programa – formalizuota ketverių metų (5-8 klasės) muzikinio ugdymo programa, kurią tęsia pradinio muzikinio ugdymo programą baigę mokiniai. Programą baigus ir sėkmingai išlaikius mokyklinius baigiamuosius egzaminus, išduodami Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministerijos PVU pažymėjimai. Išplėstinio muzikinio ugdymo programa – formalizuota ketverių metų muzikinio ugdymo programa (9-12 klasės), taikytina gabiausiems mokiniams, kurie pagrindinio muzikinio ugdymo programą baigė labai gerais pažymiais (9-10); ją baigus išduodami mokyklos pažymėjimai. Kitiems mokiniams sudaroma galimybė ugdytis meno kolektyvuose „Pastoralė“ ir „Giesmė“. Neformalus ugdymas:
Ankstyvojo muzikinio ugdymo programa– formalizuota vienerių arba dvejų metų muzikinio ugdymo programa, pritaikyta ikimokyklinio amžiaus vaikams. Ugdymas meno kolektyvuose - choristai dainuojantys choruose “Pastoralė“ ir „Giesmė“ daugiau nei keturi metai. Choristai, tai chorų „Giesmė“ ir „Pastoralė“ dalyviai, dainuojantys kolektyvuose daugiau nei keturi metai, taip pat taikytina mokiniams, anksčiau muzikos nesimokiusiems arba nebaigusiems pradinio muzikinio ugdymo programos, norintiems dainuoti viename iš mokyklos chorų.