يتولى المعهد البحري المعترف به من قبل وزارة الأشغال العامة والنقل القيام بتعليم وتدريب الملاحين العاملين في البحر وفق مناهج تعليمية وتدريبية ترتكز على المقررات النموذجية الموضوعة من قبل المنظمة البحرية الدولية وعلى النصوص التعليمية والتدريبية الواردة في مدونة الاتفاقية الدولية لمعايير التدريب وأعمال النوبة وإصدار الشهادات لعام 1978 وتعديلاتها.
إن المعهد البحري المعترف به لا يتولى أي عملية تعليمية
أو تدريبية إلا بعد أن يقدم برامجه المعنية بالتعليم والتدريب والوسائل المساعدة لها خاصة ورش العمل والمعدات الآلية والإلكترونية وأجهزة المحاكاة وفقاً لما نصت عليه الاتفاقية الدولية في الفصل الأول – القسم أ -12/12 إلى وزارة الأشغال العامة والنقل التي تتولى دراسة هذه البرامج وتقييمها من قبل اللجنة الرئيسية للامتحانات المؤلفة من موظفين وخبراء مختصين في التعليم والتدريب البحري.
إن وزارة الأشغال العامة والنقل لا تكتفي بالموافقة على البرامج التعليمية والتدريبية لاعتماد المعهد البحري كمعهد معترف به، بل أنها تراقب الوسائل التنفيذية التي يتولى بموجبها المعهد تطبيق ما نصت عليه نصوص الملف المقدم إلى الوزارة للحصول على الرخصة المطلوبة. كما أن وزارة الأشغال العامة والنقل تشترط على المعهد البحري المعترف به أن يقدم خلال ستة أشهر من مباشرته لعمله، سياسته المتبعة فيما يخص معايير الجودة المطابقة لما جاء في نص القسم أ- 1/8 والقسم ب-1/8 من الاتفاقية الدولية. وعليه أن يثبت ذلك بتقديمه شهادة بتطبيقه لمعايير الجودة الصادرة عن شركة متخصصة معترف بها.هذا وقد تم حصول المعهد على
شهادة الجوده ISO 9001:2008 بتاريخ 6 يونيو 2011
إن الإدارة البحرية لا تعترف بأي عملية تعليمية أو تدريبية ما لم ينفذها أساتذة ومدربون متخصصون يحملون شهادات أكاديمية في المجالات البحرية ولديهم خدمات على متن سفن بحرية وخضعوا لدورات متخصصة في التعليم والتدريب البحري لا سيما المقرر النموذجي رقم 6،09 وتدرجوا في التعليم والتدريب، وتنطبق عليهم نصوص القسم أ- 1/6 من الإتفاقية الدولية.