Üniversite, 30 Eylül 1995 tarihinde İzmir’de imzalanan “Türkiye Cumhuriyeti ile Kırgızistan Cumhuriyeti hükümeti arasında Kırgızistan’ın başkenti Bişkek şehrinde Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi kurulmasına dair anlaşma” nın her iki ülke yetkili makamlarınca onaylanmasına müteakip 1997-1998 öğretim yılında öğretime başlamıştır.
Üniversite Kırgızistan uyruklu öğrencileri kendi Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi’nce yaptığı sınavla, Türk öğrencileri ise Türkiye Cumhuriyeti Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi’nce yapılan Öğrenci Seçme Sınavı ile, diğer Türk ve akraba topluluklarına mensup öğrencileri ise yine Türkiye Cumhuriyeti Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi’nce yapılan TCS (Türk Cumhuriyetleri Sınavı) ile almaktadır.
2011-2012 Eğitim-Öğretim döneminde Bahar Yarıyılı sonu itibariyle 9 Fakülte, 4 Yüksekokul, 1 Meslek Yüksekokulu’nda 3809 lisans ve önlisans, 2 Enstitüde ise 196 Yüksek Lisans ve Doktora öğrencisi öğrenimini sürdürmektedir.
Üniversite Yüksek Öğretim Kurumu bünyesinde Türkiye’deki üniversitelerle aynı statüde özerk bir üniversitedir. Üniversitede eğitim-öğretim parasız olup ihtiyaç sahibi öğrencilere “Gereksinim Bursu” ve ayrıca “Akademik Başarı Bursu” da verilmektedir. Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti’nce Öğrenim bursu verilmemektedir. Öğrencilere ucuz öğle yemeği verilmektedir. Öğrenciler Üniversite yurdundan faydalanabilirler. Öğretim Dili Türkiye Türkçesi ve Kırgızcadır. Eğitim süresi 4 yıl olan fakülte ve yüksekokullarda öğrenciler; Bilgisayar Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Gıda Mühendisliği, Kimya Mühendisliği, İşletme, İktisat, Maliye, Uluslararası İlişkiler, Türkoloji, Tarih, Sosyoloji, Felsefe, Batı Dilleri (İngiliz Dili ve Edebiyatı), Doğu Dilleri (Çin Dili ve Edebiyatı), Eğitim Bilimleri, Biyoloji, Matematik, Grafik, Resim, Bahçe ve Tarla Bitkileri, Bitki Koruma, Zootekni, Mütercim-Tercümanlık, Antrenörlük Eğitimi ve Spor Yöneticiliği, Beden Eğitim Öğretmenliği, Müzik, Sahne Sanatları, Radyo-TV, Sinema, Gazetecilik, Halkla İlişkiler ve Reklamcılık, Teolojı, Turizm ve Otel İşletmeciliği, Seyahat ve Turizm Rehberliği, Yiyecek ve İçecek İşletmeciliği’nden lisans diplomaları ile; 2 yıllık meslek yüksekokullarından ise, Turizm ve Otel İşletmeciliği, Seyahat ve Turizm Rehberliği, Yiyecek ve İçecek İşletmeciliği, Büro Yönetimi, Muhasebe ve İnşaat Teknisyenliği Programlarından önlisans diploması alarak mezun olurlar. Eğitim-Öğretim süresi 5 yıl olan Veteriner Fakültesi ise, “Veteriner Hekim” unvanı ve “Yüksek Lisans” diplomasıyla mezun verir.