San Giovanni è una fattoria romana che nasce in riva al mare, nella rada di Portoferraio, attorno al 100 a.C., in un sito fino a quel momento caratterizzato da un’intensa lavorazione dei minerali di ferro. Il paesaggio cambia di colpo e i forni per la riduzione del ferro lasciano il posto ai vigneti e alle cantine in cui si produceva vino. Questa fattoria rappresenta la pars rustica della soprasta
nte villa delle Grotte. L’abbandono del sito è segnato da un incendio avvenuto nel I secolo d.C. Proprietario della villa delle Grotte e della fattoria di San Giovanni fu, probabilmente, Marco Valerio Messalla, condottiero, princeps senatus e, infine, fondatore di uno dei più importanti circoli culturali della Roma augustea. La villa passò al figlio adottivo Aurelio Cotta Massimo Messalino, che vi ospitò il poeta Ovidio prima della partenza di quest’ultimo per l’esilio nel Mar Nero.