'പള്ളിയോടൊപ്പം പള്ളിക്കൂട'മെന്നചാവറയച്ചന്റെ സന്ദേശത്തെ ഉൾക്കൊണ്ടു 1951 ൽ ഒരു താത്കാലിക കെട്ടിടത്തിൽ സ്കൂളിന്റെ പ്രവർത്തനമാരംഭിച്ചു. തുടക്കത്തിൽ ഹൈസ്കൂൾ വിഭാഗം മാത്രമായിരുന്നു ഉണ്ടായിരുന്നത്. പിന്നീട് 5 മുതൽ 7 വരെ ക്ലാസ്സുകൾക്കു കൂടി അനുമതി ലഭിക്കുകയും ചെയ്തു. ഇടവകാംഗമായ കണിയാമൂഴിയിൽ ചുമ്മാർ വർഗീസ് സംഭാവന ചെയ്ത സ്ഥലത്തേക്ക് സ്കൂൾ മാറ്റി സ്ഥാപിക്കുകയും ചെയ്തു. ഇന്നു സ്കൂൾ നിലനിൽക്കുന്ന പ്രധാന കെട്
ടിടത്തിനു വടക്കു കിഴക്കു വശത്തായി, ഇന്നുകാണുന്ന ഓഡിറ്റോറിയം നിലകൊള്ളുന്ന സ്ഥാനത്ത് തെക്ക് വടക്കായി നീളത്തിൽ ഓടുമേഞ്ഞ കെട്ടിടത്തിൽ യുപി വിഭാഗവും, (പൊതു പരിപാടികൾ നടന്നിരുന്ന പ്രധാന വേദി ഈ കെട്ടിടമായിരുന്നു), ഇന്നു പള്ളി നിലകൊള്ളുന്ന സ്ഥാനത്തു L ആകൃതിയിൽ ഓടു മേഞ്ഞ കെട്ടിടത്തിൽ എൽ പി സ്കൂളും പ്രവർത്തിച്ചിരുന്നു. 1960 ആരംഭിച്ച എൽ പി വിഭാഗം എസ് എസ് എൽ പി എസ് എന്ന പേരിൽ സ്വതന്ത്രമായി പ്രവർത്തിച്ചിരുന്ന എൽ പി സ്കൂളായിരുന്നു. സ്കൂൾ ഗ്രൗണ്ടിന്റെ കിഴക്കുവശത്തു തട്ടുതട്ടായി കിടന്നിരുന്ന സ്ഥലത്തു നിറയെ തെങ്ങുകൾ ഉണ്ടായിരുന്നു. പടിഞ്ഞാറുവശത്തു അതിരിനോടു ചേർന്നു നിന്നിരുന്ന തണൽമരങ്ങൾ കുട്ടികൾക്കു മാത്രമല്ല വഴിയാത്രക്കാർക്കും ആശ്വാസമായിരുന്നു. റോഡിനപ്പുറം അന്നുണ്ടായിരുന്ന പാടശേഖരങ്ങളും ചെറിയ കൈത്തോടുകളും ഉച്ച നേരങ്ങളിൽ പാടവരമ്പിലൂടെ നടന്നതും ആദ്യകാലങ്ങളിലെ കുട്ടികളുടെ മനസിലെ ഇന്നും മായാത്ത ഓർമ്മകളാണ്. തെങ്ങിൻ തോപ്പും, തണൽമരങ്ങളും, പാടശേഖരങ്ങളും വികസനത്തിന്റെ ചൂളം വിളിയിൽ ഇന്നു ഓർമ്മകൾ മാത്രമായി.
ആധുനിക രീതിയിലുള്ള ഹൈസ്കൂൾ വിദ്യാഭ്യാസത്തിനു ആവശ്യമായ അടിസ്ഥാന സൗകര്യങ്ങളോടുകൂടിയ ക്ലാസ് മുറികൾ ആവശ്യമായി വന്നപ്പോൾ ഹൈ സ്കൂളിനു വേണ്ടി മാത്രമായി തെനം കുന്നിൽ എല്ലാവിധ സൗകര്യങ്ങളോടും കൂടിയ കെട്ടിടം നിർമ്മിക്കുകയും, 2001 ൽ ഹൈസ്കൂൾ വിഭാഗം മാത്രമായി പുതിയ കെട്ടിടത്തിലേക്ക് മാറ്റുകയും ചെയ്തു. അന്നുവരെ ഹൈസ്കൂളിന്റെ ഭാഗമായിരുന്ന യുപി സെക്ഷൻ ഇവിടെ തന്നെ തുടരുകയും ചെയ്തു
1960 ൽ ആരംഭിച്ച സെന്റ് സെബാസ്റ്റ്യൻസ് എൽ പി സ്കൂൾ നാൽപ്പതു വർഷത്തെ പ്രവർത്തനത്തിനു ശേഷം 31/03/2001 നു പൊതു വിദ്യാഭ്യാസ വകുപ്പിൽ നിന്നും ലഭിച്ച അനുമതിപ്രകാരം ൦6/06/2021 നു അന്നുവരെ ഹൈസ്കൂളിന്റെ ഭാഗമായിരുന്ന യു പി വിഭാഗത്തോട് ചേർക്കപ്പെടുകയും, 17/07/2001 ൽ ഹൈസ്കൂൾ പ്രവർത്തിച്ചിരുന്ന പ്രധാന കെട്ടിടത്തിലേക്കു മാറുകയും, സെന്റ് സെബാസ്റ്റ്യൻസ് യു പി സ്കൂൾ എന്ന പേരിൽ പ്രവർത്തനമാരംഭിക്കുകയും ചെയ്തു.
മലയാളം ഇംഗ്ലീഷ് മീഡിയങ്ങളിലായി ഏഴു ക്ലാസുകളിലെ 21 ഡിവിഷനുകളിലായി എഴുന്നൂറോളം കുട്ടികൾ പഠിക്കുന്നു.. യു പി ക്ലാസ്സുകളിൽ മലയാളത്തിനു പുറമേ സംസ്കൃതവും, എൽപി ക്ലാസ്സുകളിൽ അറബിയും പഠിപ്പിക്കുന്നു.
വിപുലമായ ഭൗതിക സാഹചര്യങ്ങളും, സൗകര്യങ്ങളും, പശ്ചാത്തല സൗകര്യങ്ങളും വിദ്യാലയത്തിൽ ഏർപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു. കമ്പ്യൂട്ടർ, സ്പോക്കൺ ഇംഗ്ലീഷ് , മ്യൂസിക് , ഡാൻസ്, ഓർഗൻ, തബല, കരാട്ടെ, ഡ്രോയിങ്, വർക്ക് എക്സ്പീരിയൻസ് എന്നിവയ്ക്ക് വിദഗ്ധരുടെ നേതൃത്വത്തിൽ പ്രത്യേക കോച്ചിംഗ് ക്ലാസ്സുകൾ, സ്കൂൾ ഹെൽത്ത് നേഴ്സിൻ്റെ സേവനം, വിപുലമായ ലാബ്, ലൈബ്രറി സൗകര്യങ്ങൾ, കുട്ടികൾക്ക് കൗൺസിലിംഗ് എന്നിവ സെൻ്റ്റ് സെബാസ്റ്റ്യൻസിൻ്റെ പ്രത്യേകതകളാണ്.