בבי"ס הלל מעודדים את התלמידים ללמוד, להסתקרן, ליזום, לחקור ולשאול שאלות. תכנית הלימודים משלבת בין תחומי הידע הנלמדים בכל גיל לבין התחום החברתי, הרגשי והיצירתי, ומעניקה לילדים כלי למידה, תכנון, בחירה, הערכה, שיתוף פעולה ועוד.
החינוך הניסויי משתמש ב'מסעות אישיים', פרויקטים ועבודות חקר כמתודה לימודית, ודוגל בבחירה ככלי להתפתחות אישית:
לימודי הליבה נלמדים בדרכים יצירתיות ודיאלוגיות ובגישה רב-תחומית.
בית המדרש היהודי הוא מתודה מרכזית בבית הספר, והתלמידים מתנסים בכליו המאפשרים חשיבה מעמיקה ופתוחה, פליאה והתבוננות, יצירתיות שצומחת ממקום אישי, ולמידה שיתופית. לצידו של בית המדרש גם תפילה, תורה ומצוות הם חלק מהלימוד, מהדיאלוג ומההזמנה לחקירה ולחיבור של תלמידים ומורים.
גם החיבור לחיים ולעולם שסביב הם חלק אינטגרלי מהלמידה ומתבטאים ביציאה קבועה ללמידה חוץ בית ספרית ולמידה מתוך התנסות, עשייה ועבודת כפיים.
בנוסף, במערכת משולבים "מרחבי בחירה" המאפשרים לילדים התנסויות מעולמות תוכן שאינם בתכנית הלימודים הרגילה, על פי בחירתם.
בית הספר דוגל בדיאלוג מתמיד בין מורים לתלמידים ולהורים. שיטות ההערכה גם הן דיאלוגיות ונותנות תמונה רחבה וכוללת של חיי כל ילדה וילד בביה"ס.
בית ספר הלל מאפשר לילדים לצמוח בהתאם לכישוריהם וצרכיהם ההתפתחותיים, הרגשיים, הקוגניטיביים, החברתיים והיצירתיים, ומזמין אותם להביא את עולמם, כישוריהם וחלומותיהם אל הלימוד והחברותא.
