Madrasah Tsanawiyah Negeri Gondowulung merupakan salah satu Madrasah Tsanawiyah Negeri dan kelompok Nawawi di Jejeran. Nawawi. Dachlan. Di bawah pimpinan Drs.
didirikan Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN). Seiring dengan perkembangannya, di lingkungan Rama Jalal Nawawi kemudian didirikan Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTs AIN) dengan kepala sekolah pertamanya Bukhori Jamal dan menjabat + 1 tahun. Madrasah ini dinegerikan pada tahun 1968 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 14/1968 tanggal 31 Januari 1968 oleh KH.M. Pada tahun 1970-an, madrasah ini pindah ke sebelah Utara SMP Negeri Gondowulung dengan kepala sekolahnya Khoyyin dari Demak, yang kemudian digantikan oleh Isbilal Ma’sum, BA. Pada waktu yang bersamaan, pangkat kepegawaian para pengajar yang semula golongan 1a mengalami penyesuaian, khususnya pada tahun 1979. Pada tahun 1980, jabatan kepala sekolah dipegang oleh Nurdin Nasution. Pada masa ini terjadi pemindahan sekolah ke rumah penduduk (kepala dusun) di Dokaran, Tamanan, Banguntapan, Bantul, selama + 4 tahun (1980-1984). Untuk mempermudah operasional madrasah, pemerintah setempat memberikan tempat di Kaloran, Sewon, Bantul dengan tiga lokal. Sehingga pada saat itu, madrasah ini berada pada dua lokasi yang saling berjauhan, yaitu di sebelah Utara (Dokaran) dan sebelah Selatan (Kaloran). Namun demikian, berkat peran serta BP3, dan para donatur, madrasah tersebut bisa dijadikan satu lokasi. Kemudian, atas kebijakan camat setempat, dilakukan perbaikan dan pembangunan terhadap gedung-gedung madrasah dengan biaya angsuran, sehingga akhirnya madrasah memiliki gedung dan fasilitas yang memadai. Bahkan sebelum gempa 27 Mei 2006, madrasah ini sudah memiliki gedung bertingkat dua dengan fasilitas cukup lengkap. Sejak terjadinya gempa, kondisi madrasah menjadi sangat memprihatinkan, gedung-gedung madrasah ada yang roboh dan fasilitas madrasah pun banyak yang rusak dan hilang. Hal ini mengakibatkan, berbagai kegiatan persekolahan agak terhambat dan kondisi kelas serta ruangan-ruangan lainnya tidak teratur. Bahkan, perpustakaan sebagai salah satu sumber belajar utama madrasah dalam kondisi berantakan dan sulit dikondisikan karena keterbatasan tempat dan rak-rak buku. Untuk memperbaiki kondisi tersebut, madrasah melakukan pembangunan dan pembenahan terhadap fasilitas-fasilitas madrasah, keberhasilam dalam membangun fasilits sekolah ini bisa dinikmati haasilnya sampai sekarang. Adapun kepala sekolah yang menjabat di MTs N Gondowulung setelah Isbilal Ma’sum, secara berturut-turut adalah Budi Sudjodo, Rokhani, Ali Sudarman, Akhyar mahmud, Budirejo, dan saat ini dijabat oleh Drs. Abdul Mujib, M.Pd.I, dengan nomor SK Kepala W/1b/PP/53/2a/2001, tanggal 05 Mei 2001. Abdul Mujib, M.Pd.I ini MTs Negeri Gondowulung berusaha melakukan akreditasi, sebagai salah satu upaya untuk memperoleh pengakuan secara resmi sebagai madrasah yang layak dijadikan tempat belajar baik oleh pemerintah maupun masyarakat. Mulai tahun 2011 sampai saat ini (2014) MTsN Gondowulung dibawah pimpinan H. Ibnardo, S.Ag., MA dan pada masa kepemimpinannya berhasil meraih akreditasi A dan berbagai prestasi dibidang lainnya.