Program Studi Doktor Psikologi Pendidikan Islam Universitas Muhammadiyah Yogyakarta merupakan satu-satunya program studi tingkat doktoral di Indonesia dan telah memperoleh Akreditasi UNGGUL dari Lembaga Akreditasi Mandiri Kependidikan (LAMDIK) Sejumlah kompetensi masa depan dapat diwujudkan melalui pendidikan tinggi yang baik, khususnya jenjang doktor sebagai puncak jenjang pendidikan dengan Capaian pembelajaran (learning outcomes) “mampu mengembangkan pengetahuan, teknologi, dan/atau seni baru di dalam bidang keilmuannya atau praktek profesionalnya melalui riset, hingga menghasilkan karya kreatif, original, dan teruji; mampu memecahkan permasalahan ilmu pengetahuan, teknologi, dan/atau seni di dalam bidang keilmuannya melalui pendekatan inter, multi, dan transdisipliner. Untuk mencapai kompetensi tersebut, Program Doktor Universitas Muhammadiyah Yogyakarta dipercaya menyelenggarakan Program Studi Psikologi Pendidikan Islam. Program Doktor Psikologi Pendidikan Islam UMY memberikan layanan pendidikan yang bermutu untuk melahirkan doktor yang kompeten dalam bidang psikologi pendidikan Islam. Doktor psikologi pendidikan Islam bukan hanya memenuhi akselerasi program pemerintah menghasilkan 7000 doktor, tetapi lebih dari itu, program doktor psikologi Islam UMY menyiapkan para doktor yang kompeten dalam menyelesaikan pelbagai persoalan bangsa, khususnya di bidang pendidikan
Program doktor Universitas Muhammadiyah Yogyakarta mengembangkan program pendidikan doktor dengan dua sistem, yaitu; sistem perkuliahan (by course), dan sistem penelitian mandiri (by research). Pengembangan program pendidikan doktor ini dimaksudkan untuk memberikan kesempatan yang lebih luas bagi seluruh komponen masyarakat; para pejabat pada birokrasi pemerintah dan perusahaan, anggota legislatif, pejabat pengelola pendidikan, dosen, guru, widya iswara, konselor, guru BP, penyuluh agama, dan lainnya.
