SMA Negeri 1 Wonosobo didirikan pada tahun 1959 oleh panitia pendiri SMA, yang merasa perlu adanya sekolah lanjutan di kabupaten Wonosobo saat itu. Dan pada tanggal 30 Juli 1960, akhirnya SMA 1 mendapat surat keputusan (SK) pengesahan No. 330/SK/B.III th. 1960. Akan tetapi dengan berdirinya SMA negeri di tingkat kecamatan, SMA Negeri Wonosobo itu diubah menjadi SMA 1 Wonosobo melalui SK Mendikbud
No. 007/D1993 tanggal 25 November 1995. Pada awal berdirinya SMA 1 Wonosobo dipimpin oleh Kartono yang kemudian digantikan oleh Drs. Sembodo Idris sampai kira-kira tahun 1988. Pada saat itu SMA 1 Wonosobo masih terletak di Jln. Ketika itu SMA 1 Wonosobo mempunyai kelas jauh yaitu di Selomerto. Tepatnya yang saat ini menjadi SMP 2 Selomerto. Dengan kondisi seperti itu menimbulkan masalah karena tidak terjadi sinkronisasi antara kelas yang ada di Jln. RSU dengan yang ada di Selomerto, juga tenaga pendidik yang sering terbagi tentunya hal ini menyebabkan terjadinya pemborosan baik berupa waktu, dana, maupun tenaga. Akhirnya setelah melalui berbagai perundingan yang rumit, pada tahun 1991, terjadilah kesepakatan yang akan mengubah sejarah SMA 1 Wonosobo selamanya, yaitu kesepakatan RUISLAG Gedung Induk SMA 1 Wonosobo. Dan setelah beberapa kali proses yang sulit dan panjang, akhirnya tahun 1993 SMA 1 secara resmi beralamat di JL. Jogonegoro km.2 Wonosobo. Pada tahun 1989 Bapak Sembodo Idris digantikan oleh H.Muh.Badawi H.S yang memegang tampuk kepemimpinan di SMA 1 Wonosobo hingga tahun 1995. pada tahun 1996, beliau digantikan oleh Bapak Kadis Sarjono, hingga beliau pensiun pada tahun 2002. selanjutnya jabatan Kepala Sekolah dipegang oleh Drs. Agus Haryanto, MM. Tahun 2007 beliau digantikan oleh Drs. Danang Kusumanto, M.Si hingga sekarang.
