SMA UNGGULAN HAF-SA ZAINUL HASAN BPPT GENGGONG didirikan pada tahun 2002, tepatnya 4 Mei 2002, untuk menjawab tantangan yang ada, bahwa pesantren bukanlah sebuah pendidikan yang hanya mampu berbicara tentang agama, namun diharapkan juga mampu berbicara tentang pendidikan Sains seperti yang telah ditorehkan prestasi-prestasi serta lulusan siswa-siswi SMA Unggulan dan juga mampu menempati panggung k
ehormatan merebut tiket masuk perguruan tinggi negeri favorit baik melalui jalur bea siswa, PMDK maupun SNM-PTN. Prestasi SMA Unggulan juga bisa dirasakan oleh semua kalangan masyarakat dari sekolah yang tidak mempunyai label sampai masyarakat mengakui bahwa SMA Unggulan adalah satu-satunya sekolah swasta yang berkompetisi memperebutkan tiket sekolah bertaraf internasional (SBI). Pada akhir tahun pelajaran 2008–2009 SMA Unggulan mendapat kepercayaan menjadi sekolah standar nasional. Pada bulan April 2010, SMA Unggulan kembali mendapat kepercayaan Kementrian Pendidikan Nasional untuk menyelenggarakan Program Akselerasi (Program Percepatan 2 tahun). SMA UNGGULAN HAF-SA ZAINUL HASAN BPPT GENGGONG pada tahun 2008 sampai dengan 2010 ditunjuk sebagai Rintisan Sekolah Katagori Mandiri (SKM) atau Sekolah Standar Nasional (SSN) Pengertian Sekolah Katagori Mandiri (SKM/SSN) merupakan sekolah:
Yang sudah melaksanakan 8 Standar Pendidikan, yaitu antara lain:
- Standar Isi dan Standar Kopetensi Lulusan
- Standar Proses
- Standar Pendidikan dan Tenaga Kependidikan
- Standar Sarana Prasarana
- Standar Pengelolahan
- Standar Pembiayaan
- Standar Penialaian Pendidikan
- Kesiapan Sekolah dan Dukungan Eksternal