Visi :
"Madrasah Religius, Unggul, Berprestasi dan Berwawasan Lingkungan"
Misi :
Menyelenggarakan pendidikan yang berkualitas di bidang agama dan umum. Mengamalkan nilai – nilai agama Islam dan mengembangkan sikap keagamaan dalam kehidupan bermasyarakat. Mengembangkan budaya kreatif dan kompetitif dalam upaya pencapaian dan peningkatan prestasi. Melihat sejarah berdirinya, MAN 1 Kota Pek
alongan berasal dari PGA (Pendidikan Guru Agama) yang di dirikan oleh Ustad Abdullah Hinduan pada oktober 1950 yang kemudian pada tahun 1992 berdasarkan SK Menteri Agama RI No:42 tahun 1992 PGAN 3 tahun beralihan fungsi menjadi Madrasah Aliyah Negeri 2 Pekalongan, sekolah berbasis agama yang di dalamnya juga di isi dengan pengetahuan umum dan ketrampilan. Berdasarkan Keputusan Menteri Agama (KMA) No. 211 Tahun 2015 MAN 2 Pekalongan berganti nama menjadi MAN 1 Kota Pekalongan memiliki sumber daya manusia yang professional untuk menyelenggarakan kegiatan pendidikan yang berkualitas. Untuk menumbuhkembangkan minat, bakat, kemampuan, professional siswa, di sediakan berbagai fasilitas dan kegiatan ekstrakurikuler. Untuk mendukung progam dari pemeritah kota pekalongan untuk mewujudkan masyarakat yang agamis,maka dimasukkan mata pelajaran baca tulis Al Quran(BTQ). Sebagai tambahan p**a di masukan p**a bahasa daerah (jawa) dan bahasa jepang ke dalam program belajar mengajar, sehingga siswa memperoleh bekal lebih selain bekal mata pelajaran agama. Seiring dengan perkembangan dan tuntutan zaman, MAN 1 Kota Pekalongan meningkatkan ketrampilan siswa dengan memasukkan mata pelajaran ketrampilan otomotif,Tata busana, Pengolahan Produk Hasil Pertanian (PPHP) dengan harapan lulusan MAN 1 Kota Pekalongan mampu dan siap terjun ke masyarakat dan dunia kerja.Tidak hanya itu siswa dapat mengikuti pelatihan ketrampilan dalan lembaga pelatihan kerja swasta Amanah (LPKS Amanah) yang berdiri sejak 25 juni 2007 dengan izin penyelenggara No.563/0851. Adapun program LPKS Amanah yang dapat diikuti Otimotif, Tata Busana, PPHP,dan komputer. Pelatihan tersebut akan dilaksanakan selama (2 Tahun) dan mendapatkan sertifikat dari Dinas Sosial Tenaga Kerja dan trasmigrasi yang akan diserahkan pada acara wisuda. Semoga dengan dukungan masyarakat dan orang tua siswa serta para guru dan pegawai MAN 1 Kota Pekalongan lebih maju dan dapat mewujudkan visi dan misi yang telah dicetuskan sejak awal
