Pada tahun 1955 Vikariat Apostolik Medan (Keuskupan Agung Medan) mendirikan SMA Katolik Medan di Jl. Seiring waktu, nama SMA Katolik tersebut berubah menjadi SMA Katolik St. Thomas 1 adalah milik Keuskupan Agung Medan dengan wewenang mengelola sekolah diserahkan mula-mula kepada seksi Pendidikan dan Pengajaran Keuskupan Agung Medan sampai dengan tanggal 27 Nopember 1982. Sejak tanggal 27 Nopember
1982 tersebut hingga sekarang, sekolah diserahkan kepada Yayasan Perguruan Katolik Don Bosco Keuskupan Agung Medan yang beralamat di Jl. Imam Bonjol 39 Medan. Maksud dan tujuan mendirikan sekolah ini adalah untuk turut serta dalam mencerdaskan bangsa dan Negara yang bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa sesuai dengan UUD 1945. Pada tahun 1961, SMA Katolik Medan, sudah berstatus BERBANTUAN oleh Pemerintah (berbantuan Guru Negeri diperbantukan 2 (dua) orang mulai tanggal 1 April 1961).
