Sebagai lembaga pendidikan diniyah, maka madrasah diniyah menjadi tumpuan utama dalam proses peningkatan kualitas keislaman masyarakat. Dalam kata lain, maju atau mundurnya ilmu keagamaan waktu itu sangat tergantung kepada pesantren-pesantren yang di dalamnya terdapat madrasah diniyah. Makanya pesantren menjadi garda depan dalam proses islamisasi di Nusantara. Di masa awal proses islamisasi, maka
pesantrenlah yang mencetak agen penyebar Islam di Nusantara. Santri-santri Sunan Giri menyebar sampai di Ternate, Lombok dan kepulauan sekitarnya. Makanya, nama Sunan Giri begitu populer di masyarakat kepulauan Halmahera sebagai penyebar Islam yang trans-kewilayahan. Proses Islamisasi melalui pesantrenpun juga terus berlangsung hingga sekarang. Agen-agen yang dihasilkan pesantren pada gilirannya menjadi penyebar Islam yang paling atraktif. Melalui ilmu keislaman yang dimilikinya melalui madrasah diniyah ala pesantren mereka siap menjadi penyangga Islam yang sangat kuat. Jauh sebelum dunia pesantren mengenal sistem kelembagaan pendidikan nasional yang ternyata awalnya diperkenalkan oleh pemerintah kolonial melalui sekolah-sekolah umum yang didirikannya di berbagai wilayah Nusantara. Sistem pendidikan klasik model madrasah (diniyah) yang terdapat dalam pesantren-pesantren menjadi lembaga dengan sistem pendidikannya yang khas dapat menghasilkan ahli-ahli agama yang sangat ulet. Melalui sistem wetonan, bandongan, sorogan yang khas pesantren, maka dapat dihasilkan lulusan-lulusan madrasah diniyah yang mandiri dan berkemampuan menjadi agen penyebar Islam yang sangat baik. Mereka inilah yang sesungguhnya menjadi tulang punggung penyebar Islam di Indonesia. Perubahan pun tidak bisa ditolak. Makanya terjadi perubahan di dunia pendidikan Islam, yang dalam khazanah akademis disebut dari pesantren, madrasah ke sekolah. Meskipun demikian, tetap ada yang khas di dalam dunia pesantren meskipun secara struktural pesantren telah mengadopsi sistem madrasi bahkan sistem pendidikan umum. Pesantren memang menerapkan konsep continuity and change atau dalam dalil pesantrennya “al-muhafadzatu alal qadimish shalih wal akhdzu bil jadidil ashlah”. Yaitu terus melakukan perubahan dan adopsi inovasi tetapi tetap mempertahankan tradisi yang baik dan bermanfaat.