MAN Lamongan berdiri sejak 1980, bermula dari MAN Bangkalan Madura yang direlokasi ke Lamongan, kemudian berubah menjadi MAN Lamongan sebagaimana tertuang dalam Keputusan Menteri Agama RI No. 27 Tahun 1980. Sebelum KMA RI tentang Relokasi tersebut diterbitkan, MAN Bangkalan sebagai embrio MAN Lamongan telah menyelenggarakan proses Kegiatan Belajar Mengajar di Lamongan sejak tahun pelajaran 1979. Kebijakan relokasi ini diambil sebagai upaya Pemerintah untuk mengurangi / menjembatani ketidakseimbangan jumlah Madrasah Negeri, baik antar jenjang maupun antar lokasi propinsi, sebagai akibat penegerian madrasah swasta, serta alih fungsi beberapa Sekolah Agama Islam Negeri menjadi Madrasah Negeri, sebagai strategi pengembangan madrasah pada tahun 1967-1978. (Lihat Sejarah Perkembangan Madrasah, Dirjen Binbaga Islam Departemen Agama RI, Cet II, Edisi Revisi, Tahun 1999/2000). Sebelum menempati gedung milik sendiri di jalan Veteran, Madrasah ini pada masa-masa awal perjalanannya masih harus meminjam gedung Sekolah Tehnik Negeri (sekarang SLTPN 4 Lamongan) sebagai tempat penyelenggaraan Kegiatan Proses Belajar Mengajar, tentu saja pelaksanaannya menunggu proses KBM di ST selesai, yakni setelah jam 12.00 WIB. Kemudian seiring dengan semakin meningkatnya jumlah siswa dan terbatasnya lokal belajar yang ada di ST, maka pada tahun kedua disamping di ST, pelaksanaan Kegiatan Proses Belajar Mengajar juga menempati gedung Kantor Departemen Agama Kab. Baru pada tahun pelajaran 1984/1985 setelah mendapatkan proyek pembangunan 1 unit gedung dengan 3 lokal belajar, 1 ruang administrasi dan guru serta 1 ruang kepala, proses KBM bisa menempati gedung sendiri diatas areal tanah seluas 3.096 M2, itupun baru 3 kelas, sementara 2 kelas lainnya masih menempati gedung Kandepag Kab. Lamongan, dan baru tahun 1985 secara keseluruhan KBM dapat dilaksanakan di gedung milik sendiri tepatnya di Jl. Sejak direlokasi ke Lamongan tahun 1979 kemudian resmi menjadi MAN Lamongan tahun 1980 sampai dengan tahun 2014 saat Profil ini disusun, Madrasah ini telah mengalami beberapa kali pergantian Kepala. Rusjdi (yang saat itu Kasi Pergurais Kandepag Kab. Lamongan) sebagai PLH Kepala Madrasah tahun 1979 – 1980, kemudian digantikan oleh Drs. Suwarno tahun 1980 – 1989, kemudian dilanjutkan Drs. Busiri dari tahun 1989 – 1993, kemudian disusul H. Endro Soeprapto, BA. dari tahun 1993 – 1999, kemudian digantikan oleh Drs. Imam Ahmad M.Si. dari tahun 1999 sampai April 2005, selanjutnya diteruskan oleh Drs. Mu’thi, SH, M.Pd. dari April 2005 – Oktober 2008. kemudian digantikan oleh Drs. Supandi, S.Pd, M.Pd sejak Nopember 2008 – Desember 2009, dan mulai Maret 2010 tongkat kepemimpinan Madrasah ini dipegang oleh Drs. Syamsuri, M.Pd sampai 2012, selanjutnya dipegang oleh Drs. Akhmad Najikh, M. Ag mulai Juli 2012 sampai sekarang.
