Pasca G-30 S PKI dan seiring dengan tuntutan warga untuk menyekolahkan anaknya ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi, maka didirikan sekolah lanjutan dengan nama Madrasah Mu’alimin-Mu’alimat NU 6 tahun. Dalam kurun waktu kurang lebih 10 tahun, madrasah tingkat lanjutan tersebut mengalami stagnasi, tidak berkembang, ibarat bunyi pepatah “ hidup tak hendak, mati tak mau “. Seiring dengan kebijakan pemerintah, era dasa warga tahun 70-an, tepatnya tahun 1975, Madrasah Mu’allimin-Mu’allimat NU 6 tahun tersebut terpecah manjadi 2 unit, yaitu Madrasah Tsanawiyah dan Madarsah Aliyah dengan Induk Perguruan Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Mazroatul Ulum Paciran, sebuah unit pendidikan dengan jenjang yang berbeda dan masing-masing dengan masa belajar selama 3 tahun. Pada tahun pelajaran 1991/1992, untuk pertama kalinya mengikuti program akreditasi dan dinyatakan sebagai madrasah dengan status diakui. Kemudian pada tahun 2005 dengan semangat kerjasama yang tinggi dan niat yang tulus dari semua pihak untuk meningkatkan kualitas pendidikan yang ada, maka pada tahun tersebut MA mengajukan akreditasi untuk peningkatan status menjadi terakreditasi “A” dengan Surat Keputusan Nomor : A/Kw.13.4/MA/428/2006.