SMTK Bethel Jakarta di awali dengan Pendidikan Guru Agama Kristen /Protestan (PGAK/P) Bethel Jakarta oleh Lembaga Pendidikan Theologia Bethel Jakarta sejak tahun 1970 sampai dengan tahun 1990 Berdasarkan peraturan pemerintah no. 1/53/1332/1990 yang mengalihfungsikan SPG/SGO termasuk Pendidikan Guru Agama Kristen (PGAK/P) ke jenis sekolah lain, maka PGAK/P dialihfungsikan menjadi Sekolah Menengah Theologia Bethel (SMTB) Jakarta, dan dengan adanya peraturan Menteri Agama Republik Indonesia, NO.14 tahun 2005 mengenai pedoman penyelenggaraan Sekolah Menengah Teologi (SMTK) serta Ujian Negara maka SMTB menjadi Sekolah Menengah Teologi Kristen (SMTK) Bethel Jakarta. III/Kep/HK.00.5/263/4429/2006 terhadap pemberian status akreditasi maka, SMTK Bethel Jakarta terakreditasi nilai ‘A’ (Unggul) dan bekerjasama dengan DEPAG menyelengarakan Ujian Nasional
SMTK Bethel Jakarta memberikan pendidikan berkualitas yang mencakup tiga aspek: 1. Aspek Psikomotorik (Keterampilan) Dengan program pendidikan yang terdiri dari pendidikan normatif, pendidikan adaptif, pendidikan keguruan dan pendidikan penunjang maka akan menghasilkan anak didik yang berpengetahuan luas, memiliki keterampilan, memiliki tanggung jawab serta mampu untuk melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi (Perguruan Tinggi). Program Pendidikan SMTK Bethel Jakarta ditempuh dalam kurun waktu tiga tahun setara SLTA.
