Sekolah Menengah Atas (SMA) Mardi Yuana Depok adalah sebuah sekolah swasta sebelumnya bernama SMA Pius berdiri sejak tahun 1975, yang dirintis oleh Bapak Andreas Wuarbanaran, Bchk di bawah naungan Yayasan Pendidikan Bungan Laut (Jenis anggrek yang indah dan awet dari Tanimbar). Yayasan ini dibangun atas ide dari Bapak Andreas, bapak Yohanes Beigman, bapak Datus Lunyan, bapak Alfon Lumpan, dan berg
erak di bidang pendidikan dan kesehatan. Meskipun masih menumpang di gedung SMP, SMA Pius dapat diperhitungkan di bidang Akademik, Olah Raga, dan Kesenian (Seni Suara). Karena kesibukan yang semakin tinggi SMA Pius diserahkan kepada Yayasan Mardi Yuana dan dipimpin oleh Romo Saji, OFM sebagai kepala Sekolah. Tidak sampai satu tahun SMA PIUS yang sudah berganti nama menjadi SMA Mardi Yuana sejak tahun 1977 dipimpin kembali oleh Bapak Andreas Wuarbanaran, Bchk sebagai Kepala Sekolah sampai tahun 1987. Jumlah siswa yang semakin meningkat memacu yayasan Mardi Yuana Pusat yang berkedudukan di Sukabumi mulai membangun beberapa sarana pendidikan berupa bangunan berlantai dua pada tahun 1983 oleh Sr. Ignatius Harsono (alm) meresmikan penggunaan gedung baru ini pada bulan Desember 1984. Tahun 1987 jabatan Kepala sekolah Bapak Andreas Wuarbanaran, Bchk digantikan oleh Bapak Drs. Selanjutnya jumlah siswa terus bertambah dan mulailah SMA Mardi Yuana Depok membuka 4 kelas untuk setiap jenjang dengan program A1, A2, dan A3. Tahun 1990 Bapak Drs AM. Kajat digantikan oleh Bapak Fortunatus Saleh, BA. Dan selanjutnya Bapak Fortunatus Saleh digantikan oleh Drs. Hari Priyanto tahun 1997. Pada masa itulah Ketua yayasan Mardi Yuana Pusat Romo Drs. Markus Lukas,Pr. Dan Kepala Perwakilan Mardi Yuana Depok Drs. Jimmy Jackson Rampengan, Pr menambah kelengkapan bangunan baru berlantai dua seperti yang ada sekarang ini. Mulai bulan Juli tahun 2000 Ketua Yayasan Mardi Yuana Romo Drs. Agustinus Suyatno dan Kepala Perwakilan Sr. Margarethis, AK menambah bangunan baru 6 lokal untuk SMA Mardi Yuana Depok. Dengan berkembangnya kota Depok dari kota Administratif menjadi Kotamadya, SMA Mardi Yuana ikut berkembang untuk tetap eksis memberikan pelayanan di bidang pendidikan kepada masyarakat Depok tanpa memandang suku, agama, ras, dan golongan. Dengan otonomi daerah yang dicanangkan pemerintah sejak 1 januari 2001, tentunya kita semua tertantang untuk berpartisipasi mewujudkan pendidikan yang berkualitas di masa kini dan masa yang akan datang. Kehadiran sekolah-sekolah unggulan dan bertambahnya sekolah negri di Depok dan sekitarnya merupakan tantangan bagi SMA Mardi Yuana Depok untuk bersaing. Bulan Juli 2001 Bapak YB. Parso Wibowo, BA menjabat sebagai Kepala SMA Mardi Yuana Depok. Berhubung Bapak Parso diangkat sebagai kepala sekolah di SMA Mardi Yuana Sukasari, sejak bulan Juli 2003, Kepemimpinan dijabat oleh ibu Dra. Elisabeth Maria sampai sekarang. SMA Mardi Yuana yang telah hadir sejak tahun 1975 terus berusaha keras ikut serta memberikan pembinaan dan pendidikan kepada generasi penerus di bumi tercinta. Hal ini sesuai dengan misi SMA Mardi Yuana membimbing membina kaum muda ke arah kedewasaan yang mandiri. Eksistensi SMA Mardi Yuana Depok dari tahun 1975 hingga sekarang tidak bisa dipisahkan dari perjuangan para tokoh sekolah. Yang disebut tokoh di sini adalah kepala sekolah dan para mantan kepala sekolah SMA Mardi Yuana Depok yang telah berjasa membimbing dan mengembangkan dinamika belajar-mengajar di sekolah. Masing-masing kepala sekolah memiliki karakteristik yang khas dalam mengemban amanat Yayasan. Berikut ini adalah tokoh-tokoh yang berjasa memimpin SMA Mardi Yuana sepanjang didirikannya :
1. Bapak Andreas Wuarbanaran, Bchk (1974, 1978 – 1986/1987)
2. Pater A. Sadji OFM (1978)
3. Bapak Drs AM Kajat (1987/1988 – 1989/1990)
4. Bapak Fortunatus Saleh, BA (1990/1991 – 1995/1996)
5. Bapak Drs. Hari Priyanto (1997/1998 – 1999/2000)
6. Aloysius Wasito (2000/2001)
7. Bapak YB. Parso Wibowo, BA (2001/2002 – 2002/2003)
8. Ibu Dra. Elisabeth Maria (2003/2004 - …)
