TropBRC IPB

30/06/2024

yth Bapak/Ibu,
berikut kami sampaikan kegiatan kami

Workshop Docking Lanjutan dan Simulasi Dinamika Molekul 2024
yang akan diadakan pada:
🗒 Jumat-Sabtu / 26-27 Juli 2023
🌐 via Zoom Meeting
⏳ 08.00 - 17.00 WIB

PENGENALAN
Banyak program in silico dapat berjalan dengan baik di platform Linux. Oleh karena itu, workshop ini sebagian besar akan menggunakan Command Line yang akan dijalankan di Terminal Linux. Terminal Linux yang digunakan adalah Windows Subsystem Linux2 (WSL2) dengan OS Ubuntu 22.04.3. WSL2 dapat diinstal dengan mudah di komputer Windows 11 dengan versi 1903 atau diatasnya.

MATERI
- Review Ordinary Docking Using GUI ADT 1.5.7 and Command line by Shell Script
- Introduction and Familiarize of Windows Subsystem Linux 2 (WSL2)
- Virtual Screening using Shell Script: comparison 3 different Scoring Function
- Docking with metal-containing ligands Using Autodock4.2
- Simultaneously Multiple Ligand Docking: Using Vina 1.2.5
- Peptide Docking Using Auto-Dock Crank-Pep (ADCP)
- Introduction of Routine Molecular Dynamics Simulation: Preparation, Running and Analysis

PEMBICARA
Dr. Setyanto Tri Wahyudi, S.Si., M.Si
(TropBRC LRI-PGK IPB; Departemen Fisika FMIPA IPB)

SOFTWARE YANG DIGUNAKAN
- WSL2
- AutodockTools 1.5.7
- Vina 1.2.5
- Autodock4.2
- Autodock- CrankPep
- AutodockFR
- AMBER 22
- PyMOL 3
- LigPlot 2.2
- GIMP
- Notepad++

SPESIFIKASI KOMPUTER
- OS: Windows 11 atau Linux
- Processor: setara dengan core i3 atau diatas-nya
- RAM: 8 GB
- Storage: disarankan memiliki 15-20 GB yang kosong untuk instalasi program

FASILITAS
- Video Instalasi
- Video Tutorial Workshop
- Video Kuliah
- Tutorial Hands-On Workshop
- Diskusi Project
- Script Docking dan VS Ready to Use
- Konsultasi
- Sertifikat

MANFAAT
lebih hemat daripada beli program berbayar

BEFORE & AFTER SERVICE
1. Monitoring Instalasi Program sebelum Acara Workshop
2. Problem-Solving setelah Acara Workshop

INFO PRA-WORKSHOP
- Pra-Workshop #1: 20 Juli 2024, 09.00-11.00 WIB
- Pra-Workshop #2: 23 Juli 2024, 15.30-17.30 WIB

Fee Workshop
Early bird Rp 1.250.000,- (sebelum 19 Juli 2024);
Normal Rp 1.500.000,-
Limited Seat: Only 25 Person

silahkan transfer ke:
Rektor IPB cq Biofarmaka LPPM PTN
Bank BNI No. Rekening 0003898272

cp: Tiest (WA Only - 08156641396)

Terimakasih, salam.
TropBRC

08/09/2022

01/08/2022

22/06/2022

Bioinformatics Webinar Series #15
Topik: "Molecular Docking: Sudut Pandang Komputasional dan Eksperimental"

🗓️ Selasa, 28 Juni 2022
🕐 09.00-11.00 WIB
🌐 via Zoom Meeting & Live Streaming YouTube

Narasumber:
1. Dr. Setyanto Tri Wahyudi, M.Si
Departemen Fisika, FMIPA, IPB
Pusat Studi Biofarmaka Tropika, LPPM, IPB
Topik: "Isu-isu Penting dalam Molecular Docking"

2. Didik Huswo Utomo, M.Si
Bioinformatics Research Center-INBIO
Masyarakat Bioinformatika dan Biodiversitas Indonesia
Topik: "Keakuratan Molecular Docking untuk Drug Discovery"

*Moderator: *
Luthfan Irfana, M.Si
Departemen Kimia, FMIPA, IPB

Registrasi: ipb.link/webinarbioinfo28juni (Free)
Zoom : ipb.link/zoomwebinar28juni
Youtube : ipb.link/videowebinar28juni

Diselenggarakan oleh:
- Working Group Bioinformatika, FMIPA, IPB
- Departemen Ilmu Komputer, FMIPA, IPB
- Pusat Studi Biofarmaka Tropika, LPPM, IPB
- Masyarakat Bioinformatika dan Biodiversitas Indonesia (MABBI)
- INBIO Indonesia

16/06/2022

Kegiatan Dosen IPB Mengabdi Pulang Kampung, Kecamatan Pasirwangi Kabupaten Garut 14 Juni 2022

09/06/2022

𝗜𝗡𝗙𝗢 𝗞𝗘𝗚𝗜𝗔𝗧𝗔𝗡 𝗣𝗨𝗜-𝗣𝗧 𝗧𝗥𝗢𝗣𝗕𝗥𝗖 𝟮𝟬𝟮𝟮

Yth Bapak/Ibu
Mohon ijin share kegiatan PUI-PT TropBRC IPB

Workshop Docking Molekul Tingkat Dasar Batch 2

🗒 Jumat-Sabtu / 24-25 Juni 2022
🌐 via Zoom Meeting
⏳ 08.00 - 17.00 WIB

MATERI:
- Pengenalan Struktur Protein, Sekuen Fasta, PDB Bank dan Database Uniprot
- Pemilihan, Visualisasi dan Preparasi Struktur 3D Protein Untuk Docking
- Pencarian ligan, Optimasi Geometri dan Preparasi Ligan
- Re-Docking sebagai Validasi
- Targeted Docking dengan Ligan Uji
- Analisa Hasil Docking

SOFTWARE YANG DIGUNAKAN
- Rigid Docking dengan Autodock Vina
- PyMOL 2.5
- Autodock Vina 1.2
- Autodock Tools 1.5.7
- Orca 5.1

PEMBICARA:
Dr. Setyanto Tri Wahyudi (TropBRC LPPM IPB; Departemen Fisika FMIPA IPB)

PERSYARATAN:
• Laptop atau Desktop minimal Core-i3 atau AMD yang setara (lebih tinggi lebih baik)
• Memory 4 GB (lebih tinggi lebih baik)
• OS Windows 10 dan/atau OS Windows 11. (Untuk OS MacOS bisa digunakan, namun untuk instalasi menjadi tanggung-jawab praktikan)

FASILITAS :
1. Disediakan Program-Program Simulasi (free dan Academy/Edu-licensed)
2. Modul Praktikum
3. Rekaman Workshop
4. Sertifikat

BEFORE & AFTER SERVICE:
1. Monitoring Instalasi Program sebelum Acara Workshop
2. Problem-Solving setelah Acara Workshop

BIAYA
Early bird Rp 1.000.000,- (sebelum 18 Juni 2022)
Rp 1.250.000,-/peserta
Kuota terbatas: 25 peserta

🔖 link registrasi: https://ipb.link/wstropbrc0622
📲 CP: Tiest (WA Only wa.me/628156641396)

COMING SOON:
• WS Docking Tingkat Menengah: Docking dengan Air, Flexible Docking dan Docking dengan Ion.
• WS Docking Tingkat Lanjutan: Ensemble Docking, MD-Based Docking dan Simulasi Dinamika Molekul.

Terimakasih, salam.
𝑻𝒓𝒐𝒑𝑩𝑹𝑪 𝑰𝑷𝑩

01/06/2022

Selamat Hari Lahir Pancasila ! Aku Pancasila,
Aku Indonesia!

30/05/2022

Mencit galur DDY jantan dan betina. Pemesanan hubungi CP +62851-7102-2020

27/05/2022